PAVIS是一个在线工具，可以对peak区间与基因组各个特种的overlap情况进行注释，网址如下

在chip_seq数据分析中，peak calling是核心，得到peak区间之后，我们首先需要对peak进行注释。所谓的注释其实是一个比较宽泛的概念，其中包含了以下多种类型的注释信息...

HOMER是一款进行motif预测的软件，除此之外，该软件还集成了许多其他功能，可以识别用于分析chip_seq,RNA_seq,Hi-C等数据。本文主要介绍如何通过HOMER来进行peak calling。...

chip_seq数据中peak的长度范围跨度较大，既有覆盖几个核小体的几百bp的peak, 也有包含多个基因长度在上千kb的peak。比如H3K4me2和H3K4me3这两种组蛋白修饰中peak在几百bp左右, 而H3K27me3中则为长度在几十到几百kb之间...

在使用macs进行peak calling时，除了输入样本对应的BAM/SAM文件之外，还可以输入BED文件。BAM文件我们都非常 熟悉，将序列比对到基因组之后就可以产生这样的文件，各个比对软件也支持输出BAM/SAM格式。这种格式的文件记录了...

MACS是一款最为流行的peak calling软件，最初是针对转录因子的chip数据来设计的，在最新版本中，也添加了对组蛋白修饰的适配。目前最新版本为v2.0,官网如下...

NRF代表的是非冗余reads的比例，与参考基因组比对之后，我们可以得到所有比对上的reads, 其中有一部分是unique mapping的reads, 这些reads唯一比对到基因组上的一个位置，NRF就是unique mapping reads除以total mapped re...

ENCODE官方提供了chip_seq分析的pipeline以供参考，在peak calling前的预处理环节，流程示意如下

在chip_seq数据分析中，通常会对peak区域在基因组上的分布进行探究，查看其分布是否存在规律，比如是否在转录起始位点，或者转录终止位点附近存在富集，此时我们可以通过deeptools这个工具来实现。...

通过UCSC基因组浏览器，我们不仅可以查看别人已经公布的数据，还可以上传自己的数据进行查看，支持以下bed,vcf,bigwig等多种常见的文件格式，完整的格式列表请参考以下链接...