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环状RNA芯片简介

研究环状RNA除了高通量测序外,还有一种常见的手段就是环状RNA芯片,两种产品之间各有优劣,只有了解其对应的特点,才能更好的做出选择。

2019-12-19
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circPrimer:环状RNA注释和引物设计工具

根据RNA_seq数据预测环状RNA的软件很多,但是提供环状RNA注释的工具比较少。circPrimer是一款能够进行环状RNA注释的软件, 输入环状RNA的基因组位置,可以确定其来源基因,提取基因组和转录本序列,并设计引物用于验证环状RNA...

2019-12-19
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使用IRESfinder分析环状RNA的蛋白编码潜能

真核生物mRNA的5’ 帽子结构可以介导核糖体的结合,从而开启翻译过程,circRNA由于是一个闭合的环状结构,缺失了5’端帽子结构,所以归类为非编码RNA的一种。...

2019-12-19
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circinteractome:环状RNA与RBP以及miRNA结合的数据库

RNA binding protein, 简称RBP,称之为RNA结合蛋白,是一类调控RNA代谢过程的蛋白质,主要作用是介导RNA的成熟,转运,定位和翻译等过程;miRNA是一类长度在21bp左右的小RNA,可以结合到靶标RNA上,抑制其翻译或者使其降解,发挥一个...

2019-12-19
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使用CIRCexplorer2识别环状RNA

CIRCexplorer是一款环状RNA预测软件,专门用于预测exonic circRNA,网址如下

2019-12-19
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CIRCpedia:环状RNA数据库

CIRCpedia是一个综合性的环状RNA数据库,采用CIRCexplorer软件分析了来自6个物种约180多个样本的转录组数据,识别到了262782个环状RNA,网址如下

2019-12-19
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使用circRNA_finder识别环状RNA

circRNA_finder是一款环状RNA预测软件,在对果蝇的研究中采用该软件进行了环状RNA的预测,该软件的源代码托管在github上,网址如下

2019-12-19
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使用CIRI识别环状RNA

在最初的环状RNA研究中,认为环状RNA都是由exon通过反向剪切构成的,称之为exonic circRNA,只有这样的环状RNA能够由PCR反应验证出来的。

2019-12-19
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使用find_circ识别环状RNA

circBase是环状RNA数据库的开山鼻祖,其中的环状RNA都是采用find_circ这个软件预测得到的。该软件的原理如下

2019-12-19
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exoRBase:人类血液外泌体RNA数据库

exosome翻译为外泌体,是由细胞分泌的一种直径在30-150nm之间的囊泡,属于细胞外囊泡的一种,含有不同种类的RNA,可以调节受体细胞的行为,并且可以作为疾病的循环生物标记物,在血液,唾液,尿液等多种体液中都广泛存在。...

2019-12-19
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