ggseqlogo是一个motif可视化的R包，可以看做是seqLogo的加强版。除了基本的创建sequence logo的功能，新增了许多自定义的选项，灵活性更强，项目网址如下

seqLogo是一个bioconductor上的R包，专门用于DNA序列的motif可视化，网址如下

WebLogo是一款经典的motif可视化软件，在很多的文章中都提到了使用该软件绘制motif的sequence logo。作为一个在线工具，其操作简单，易于使用，网址如下

通过一致性序列和sequence logo可以直观的表示某个motif的情况，但是在预测motif结合的位点时，只根据这些信息无法准确的判断查询序列上存在对应的motif。 预测输入序列上是否存在特定motif的位点的分析，称之为motif scan...

通常在分析peak区域对应的靶基因时，会选取转录起始位点TSS上下游一定长度的区域作为候选的靶基因范围，本文介绍下如何利用bedtools来对peak与TSS区域的overlap情况进行分析，从而得到靶基因，可以分为以下几步...

在chip_seq数据分析中，motif分析是一项重要的分析内容。通过motif分析，我们可以对转录因子结合位点的序列模式有进一步的了解，那么什么是motif呢？

homer软件集成了许多的功能，包括peak calling, peak注释，motif分析等等，通过这一个软件，就可以完成chip_seq的绝大部分分析内容，不可谓不强大。本文主要介绍这个软件进行peak注释的用法。...

PeakAnalyzer是一款经典的peak注释软件，由PeakSplitter和PeakAnnotator两款工具构成，网址如下

首先我们需要输入peak文件，支持两种格式，第一种是BED格式，最少只需要3列内容记录peak的染色体位置就可以了，示意如下

GREAT是一款peak区间进行基因注释的工具，除了给出peak对应的基因外，还集成了多种基因的功能分析，网址如下