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在使用macs进行peak calling时，除了输入样本对应的BAM/SAM文件之外，还可以输入BED文件。BAM文件我们都非常 熟悉，将序列比对到基因组之后就可以产生这样的文件，各个比对软件也支持输出BAM/SAM格式。这种格式的文件记录了序列的比对情况，根据这个文件可以计算出基因组上的测序深度分布，从而比较不同样本的分布进行peak calling, 那么BED文件又是怎么一回事呢？
在BAM文件中，最核心的信息是序列和基因组区域的对应关系，即那些序列比对上了基因组上的哪些区域，这个信息通过BED格式也是可以来记录的。在bedtools中也提供了bamtobed的功能，基本用法如下
bedtools bamtobed -i input.bam > out.bed输出内容示意如下
前三列表示reads比对上的染色体位置，第四列为reads的名称，第五列代表比对的质量值MAPQ,第六列代表正负链信息。
这种6列的BED文件在ENCODE被命名为tagAlign格式，详细解释参见如下链接
https://genome.ucsc.edu/FAQ/FAQformat.html#format13
对于双端测序的数据，还有一个特殊的bed格式-bedpe, 用法如下
代码语言：javascript复制bedtools bamtobed -i input.bam -bedpe > out.bed内容示意如下
bedpe格式在一行中显示了R1和R2两个reads的比对情况，列数为10列。 对于单端序列。直接用bed格式就可以；对于双端学历，推荐用bedpe格式。这两种格式都可以称之为tagAlign，可以作为macs的输入文件，用法如下
代码语言：javascript复制macs2 callpeak
-t ip.bedpe
-c input.bedpe
--outdir out_dir
-n chip
-g hstagAligen格式相比bam，文件大小会小很多，更加方便文件的读取。
·end·
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