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使用igvtools可视化测序深度分布

igvtools是最常用的NGS数据可视化工具之一,功能非常强大,可以展示序列比对,拷贝数变异,突变位点等多种数据的分布,网址如下

2019-12-19
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depth, bedgraph, bigwig之间的联系与区别

在chip_seq的分析结果中,经常会通过igvtools或者UCSC等基因组浏览器对样本的测序深度分布进行可视化,方便直观的比较样本间的差异,示意如下

2019-12-19
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chip_seq质量评估之coverage分析

peak calling的核心是比较input和抗体处理样本基因组区域测序深度分布的差异,所以样本的测序深度分布可以作为质控的一个标准,本文介绍如何通过deeptools来绘制样本测序深度分布图。...

2019-12-19
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chip_seq质量评估之查看抗体富集效果

chip_seq通过抗体来富集基因组上的部分区域,抗体富集的效果直接绝对了实验的成败, 借助deeptools中的plotFringerprint命令,可以有效评估和查看抗体富集效果。...

2019-12-19
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chip_seq质量评估之计算样本间的相关性

在chip_seq的实验中,由于抗体反应的敏感性,生物学重复样本的一致性很难把控。为了保证重复样本具有较好的一致性,除了在实验上保证操作流程的规范化,对于测序数据,我们也需要对其进行评估。...

2019-12-19
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深度学习瓶颈到来时,Yoshua Bengio有什么新打算?(附NeurIPS演讲)

我们都知道,深度学习的三驾马车获得了 2018 年的图灵奖,这是对深度学习的技术成功以及三人贡献的最佳肯定。最近几年里,Geoffrey Hinton 带来了知识蒸馏和胶囊网络,Yann LeCun 在继续研究 CV+机器人的同时,也坚持和 Gary M...

2019-12-19
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Chip-seq简介

染色质免疫共沉定技术,可以研究生物体内DNA与蛋白质的相互作用,首先在活细胞内固定DNA与蛋白结合的复合体,然后用蛋白特异性的抗体,通过抗原抗体特异性结合的免疫学手段捕获该复合体,然后洗脱蛋白质,得到与目的蛋白结合的DN...

2019-12-19
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文献解读|环状RNA调控父本基因的表达

最初实验验证过的环状RNA都是只由exon反向剪切构成的,定义为exonic circRNA, 在本文中,科学家发现了一种新的环状RNA,在该环状RNA中除了外显子外,还保留了内含子序列,可以称之为exon-intron circRNAs, 简称ElciRNAs。这...

2019-12-19
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文献解读|circAGFG1通过miR-195-5p调控CCNE1的表达促进三阴性乳腺癌的发展

通过高通量测序和后续的功能验证,挖掘出三阴性乳腺癌中的一个ceRNA调控功能网络,网址如下

2019-12-19
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文献解读|环状RNA的性质和功能

对环状RNA的性质和功能进行很好的概括和总结,文献发表在Molecular Cancer杂志上,网址如下

2019-12-19
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