小木在对代码进行测试的时候，发现进程占用了100%的单核CPU资源。并且发现在另一个环境，这个进程占用了12%的CPU资源，因为在这个环境中是8核的CPU。而此时这个进程还并没有处理任何的数据，也就是说会有一个线程就占用一个C...

openmm是用于分子模拟的高性能工具包。该代码是开源，并在MIT和LGPL license下。是 Omnia(预测生物分子模拟的工具套件)的一部分。

或者通过命令cd F:AutoDock来实现，这与window的dos命令行和Linux系统的cd(Change Directory)命令一样。

同样的，打开小分子文件。我前面准备了2个格式的文件，选择其中一个，这里我选择了mol2格式的。

我们这里处理蛋白文件需要借助pyMOL这个软件，我在前面提到过，我也上传到了网盘，有2个版本，一个2.2，一个2.4，前面说安装时需要安装2.0序列的Python，这是针对2.2版本的pyMOL，如果你安装2.4版本，需要安装Python3.7。我用的是2.4的...

简介：使用Chimera进行vina的对接，本来是想使用，ADT或者pymol进行vina的对接，结果ADT的界面太丑（严重影响了我的心情?），中间还可能莫名的发生某些错误，而Pymol的第三方插件...

系列：rosetta-motif-search目的：在pdb库中寻找相似结构步骤：1：下载master数据库，以及master软件#master软件https://grigory

系列：处理小分子目的：小分子能量最小化原理：Pymol创建小分子+Openbabel进行最小化步骤：（1）PyMol创建小分子，然后保存为mol2格式 （2）运行op

use fixbb application to invoke the Rosetta packer to optimize the side-chain conformations of an input structure.

官方教程链接：http://dock.compbio.ucsf.edu/DOCK_6/tutorials/sphere_generation/generating_spheres.htm