我们这里处理蛋白文件需要借助pyMOL这个软件，我在前面提到过，我也上传到了网盘，有2个版本，一个2.2，一个2.4，前面说安装时需要安装2.0序列的Python，这是针对2.2版本的pyMOL，如果你安装2.4版本，需要安装Python3.7。我用的是2.4的版本，有点喜新厌旧啦。
首先我们打开pyMOL这个软件
我们这里可以直接打开我们下载的pdb格式的分子结构文件，如果是PDB数据库的蛋白，我们可以通过命令fetch 1e8y下载。1e8y是我们蛋白的 PDB ID。回车后就会在可视化窗口看见我们的蛋白结构。
或者通过File里面选择get PDB...，弹出窗口输入信息后点击下载。
如果窗口中不显示该结构的信息，我们在软件的右下角点一下S，就出来了。或者从菜单栏Display里勾选Sequence
然后我们可以通过序列，左右滑动，删除我们不需要的部分，比如水分子，把0全部选中，右键点击remove，就删除了。如果有其他金属离子，那就需要根据需要了，如果该离子是该蛋白的组成部分，那就不能去除。
我们可以继续用pymol进行加氢处理，也可以后续用AutoDockTools处理。我们统一用AutoDockTools吧，因为pymol功能很多，一时间介绍不完，B站有很多教程，你可以去搜索学习，当然，你可以完成对接后，再去学习。我们这里保存为PDB格式蛋白文件文件名称：1E8Y_PYMOL.pdb。
如果我们去掉的组分比较多，比如有多条链，去掉了其中的一些链，把不需要的水分子，离子，溶剂分子去掉，只保留对对接需要的部分，对剩下的结构我们需要进行一个修复。这里需要一个网页工具，地址：https://swift.cmbi.umcn.nl/servers/html/model.html. 做法是找到网页最下面的Prepare PDB file for docking programs，点进去，上传自己的蛋白结构文件，然后点击send，稍等一下可以直接下载处理过的蛋白结构文件。
我这里修复后的文件继续保存为：1E8Y_PYMOL.pdb，也就是覆盖了上面的那个文件。
接下来我们打开AutoDockTools(ADT)，打开我们前面保存的文件1E8Y_PYMOL.pdb。
这里，颜色显示方式，我们可以点击CL栏的下三角符号，可以通过不同方法按照颜色选择。比如下面的，通过原子类型。
关于什么颜色代表什么原子，如下：
如果我们前面没有用pymol去掉水分子，那么可以按照下图去掉水分子，因为我们我们需要修复结构，有时候也不是单单的去掉水分子，所以还是先用PyMol处理好一些。我们这里已经去掉水分子了，所以这一步省略。
接下来就是加氢，因为从pdb数据库中下载蛋白质晶体结构是没有氢原子的（除了很少分辨率小于1A的蛋白质有H），这是一个技术问题。所以我们需要把氢原子加上，这一步是必须的。官方解释也是：在选择一个分子作为配体或受体之前，必须把所有的氢都加到这个分子上。注意是全氢。按照下面操作加氢。
我们就可以看见多了好多白色，白色就是氢原子。
然后我们按照下面操作保存为受体文件。
上面这一步操作方式选择大分子会自动执行以下一系列初始化步骤，ADT检查分子是否带有电荷。如果没有，它会给每个原子加上Gasteiger电荷。记住，所有的氢必须先加到大分子上，然后才被选中。如果分子已经带电荷，ADT会问你是否想保留输入电荷而不是增加Gasteiger电荷。还有，该步骤，ADT会合并非极性氢，如果你不需要，需要手动设置。下面是官方文档的解释。
另外，有的人可能在保存文件之前会将原子类似设置为AD4 type ，其实这一步不需要，因为我们按照上面的操作，软件会自动设置的。
好了，保存文件后，我们可以删除分子，后续处理小分子。
