生成Spheres
官方教程链接： http://dock.compbio.ucsf.edu/DOCK_6/tutorials/sphere_generation/generating_spheres.htm
步骤 接上文，已经完成了蛋白受体以及配体的准备，加氢加电荷 现在开始准备生成Spheres
生成Sphgen是DOCK的必须
- Sphgen生成多组重叠的球体，以描述分子或分子表面的形状。对于受体，会产生表面凹陷的负像。球体是使用Richards（1977）描述的分子表面构造的，该分子表面是用dms程序计算的。每个球体在两个点接触分子表面，并沿其中一个点的表面法线方向具有半径。对于接收器，每个球体中心都在曲面的外部，并位于曲面法向矢量的方向上。
生成Sphgen
- （1）使用chimera的工具生成dms File -> Open -> rec-1htp-dock-prep.mol2. Actions -> Surface -> Show Tools -> Structure Editing -> Write DMS 直接命名保存 然后使用Chimera直接打开 绿色的点状物质环绕cartoon结构周围便是dms
- （2）生成Spheres
在整个Surface上计算球体，每个表面点大约产生一个球体，然后进行聚类。sphgen输入文件必须命名为INSPH
建立一个文件，命名为：INSPH，输入以下信息
rec.ms#molecular surface file (no default)R#sphere outside of surface (R) or inside surface (L) (no default)X#specifies subset of surface points to be used (X=all points) (no default)0.0#prevents generation of large spheres with close surface contacts (default=0.0)5.0#maximum sphere radius in Angstroms (default=5.0)1.0#minimum sphere radius in Angstroms (no default)rec.sph#clustered spheres file (no default)终端直接输入sphgen 此时输出文件应为：OUTSPH 文件内容：density type = Xreading ./rec_dms. dms type R# of atoms = 1940 # of surf pts = 14469finding spheres for ./rec_dms.dmsdotlim = 0.000radmax = 4.000Minimum radius of acceptable spheres?1.4000000output to rec.sphclustering is complete 49 clusters
选择一个亚类作为bingding site
- （1）直接生成的最大的负像聚类作为bingding site
使用showsphere指令，输入文件命名为sphgen_cluster.in：
输入文件格式为：
rec.sph #sphere cluster file1 #cluster number to process (<0 = all)N #generate surface as well as pdb fileselected_cluster.pdb #name for output file此时输出文件为：selected_cluster.pdb 直接使用Chimera打开： 出现的小点即为选择的sphere cluster - 使用以下操作来展示sphere Actions -> Atoms/Bonds -> sphere
- （2）上面显然能显示不是配体的bingding site，此时采用第二种方法
选择距配体的每个原子10.0埃以内的所有球体
使用指令：
sphere_selector rec.sph lig_charged.mol2 10.0
输出文件为：selected_spheres.sph
生成一个文件：selected_spheres.in
文件内容为：
selected_spheres.sph1Nselected_spheres.pdb输出文件为：selected_spheres.pdb 展示，使用chimera打开selected_spheres.pdb 然后：Actions -> Atoms/Bonds -> sphere 现在看下，spheres将配体完全包围住了
