围绕活性位点创建一个box使用指令：showbox < box.inbox.in的文件格式为：

准备蛋白受体以及配体文件使用的蛋白文件为1HTP整体蛋白显示1:去除水分子，分别将蛋白受体与其中的配体进行保存，保存格式为任意，此处保存为pdb格式2:使用chimera的dock prep插件，为受体加氢加电荷，并且保存为mol2文件保存...

Rosetta的基本功能是计算生物分子的能量或得分。Rosetta具有用于所有原子计算的标准能量函数以及用于低分辨率蛋白质表示的多个评分函数。此外，您可以通过在自定义权重中包括对您选择的项计分来定制能量函数。...

Pymol是一款操作简单，功能强大的分子以及蛋白的可视化软件，由薛定谔公司研发，科研人员可以从官网申请最新教育版本，同时pymo的开源版（https://github.com/schrodinger/pymol-open-source），可以直接从网站上下载，但是版本较老...

###1：蛋白导入 此次选用的蛋白为1STP可以直接从PDB官网下载文件，或者直接在命令行框中输入 fetch 1stp

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当一个化合物合成出来之后,化学工作者常常关心的是分子中某一部分(如功能团)的有关信息,因而,亚结构(substructure)检索,从某种角度上讲,对于化学工作者来说是最为重要的手段。...

图片对于分析人员是特别直观的，但是对于软件而言，就无法识别了。为了让程序识别RNA二级结构，专门开发出了一种表示方式，用点号和括号这两种符号来表示对应的二级结构。该表示方法就称之为dot-bracket notation, 其核心思...

pyrx学习记录（1）第一部分1蛋白质下载和准备蛋白质需要从pdb数据库下载，地址如下： RCSB PDB - 1TGM: Crystal structure of a complex for