简介：
使用Chimera进行vina的对接，本来是想使用，ADT或者pymol进行vina的对接，结果ADT的界面太丑（严重影响了我的心情?），中间还可能莫名的发生某些错误，而Pymol的第三方插件版本太老，安装会报错，所以选择了Chimera来进行Vina的对接。
简而言之，Chimera很漂亮，第三方插件用起来也很舒服，不需要进行命令行操作，是新手的福音。
唯一的问题就是，我可能还需要写个Chimera的教程?。
先简单介绍一下Chimera，这个是一款分子可视化软件，由UCSF大学设计以及创建，文献中的用图一般由Chimera或者Pymol制作。
网站：https://www.cgl.ucsf.edu/chimera/，可以直接下载无需付费。
材料：
蛋白：1STP（我喜欢这个?）
配体：1STP自带的小分子
步骤：
1：打开Chimera
Chimera
点击Fetch by ID，在对话框中输入，1STP。点击fetch。
或者直接从PDB网站上下载pdb格式的文件，然后file-open，从当地导入。
输入ID
界面
拖动鼠标左键，右键以及中间滑轮，各种姿势都试下，你就知道了简单的教程，这里不做专业的论述，因为我觉得很傻。
2：按照图示操作进行选择配体并保存
Select--Residue--BTN
图中的配体周围会出现草绿色的一圈细线，代表成功选中。
注：HOH是水分子
选择配体
保存选中配体，按照下面顺序操作
File-Save PDB
在界面选择Save Selected atoms Only，File name输入1stp-ligand。然后点击save
保存配体
删除原有的配体
操作顺序为：
Actions-Atoms/Bonds-Deleted
删除配体
3：进行对接前准备
对接前受体文件准备：
操作顺序为
Tools——Surface/Binding Analysis——Dock Prep
对接前准备
全部选择打勾
全部选中
点击ok
点击ok
还是点击ok
还是点击ok
保持默认值，输入文件名并进行保存
保存受体文件
对接前配体文件准备：
使用chimera打开上一步中保存的配体文件，进行相同的准备工作。
这样
这样
以及等等（和受体的准备一毛一样啦）
4：设置Pocket（对接区域）
好烦，不过得坚持搞下去。?我是魔鬼吧
开始设置vina对接的盒子大小的操作顺序为：
Tools——Surface/Binding Analysis——AutoDock Vina
image.png
下面操作比较复杂，长点心❤
输出文件选项：output file 选择文件夹，然后自己命名一个
受体蛋白文件选项：Receptor 选择1stp
配体文件选项：Ligand 选择 1stp-ligand.pdb
PS:如果你自己进行了重命名，选择自己需要的文件
盒子大小设置：
Center：盒子中心
Size：盒子尺寸
?盒子还没有设置好，就点击了确认开始了运行.Am I a pig?
注意：盒子设置标准，尽可能地包含你地对接区域。
注意：盒子设置好之前，不要点击ok。
在resize search volume 前面打勾，点击图形界面的配体分子
BOX
现在教你们怎么正确设置盒子大小
又犯错了，像个傻子?
上步中出现的盒子大小，有可能不是你想要的，过大或者过小
如果想出现，我这样完整的包含配体的盒子需要细节调控。
此步骤中，取消掉resize search volume前面的对勾，并且将botton1模式切换为ctrl botton1模式。
此时调整盒子，鼠标移到，正方形的8条棱的一条中上，按下ctrl的同时，点击鼠标左键拖动，可以修改盒子大小。
不按ctrl的时候，鼠标仅仅是旋转，放大和平移整体。
设置盒子大小
perfect-box?
这样基本就全部设置成功。
5：设置vina路径
在Executable Location中，选择local(本地)，Browse中选择本地的vina所在的安装目录。
image.png
选择ok，进行运行
可怜我的
6：结果展示
好了这是最后的展示结果，下面进入分析步骤
结果展示
7：结果分析
来看这个框，它又大又方。
主要看Score一列，单位是kcal/mol，得分越低越好，然后看下构象，拟合程度还不错。
这个框，又大又方
拟合程度还不错
现在看点略微高级的东西,
(1)动起来
Movie——Play
此时你会看到产生的几个构象会不断地在盒子里面进行展示
Play It
（2）保存动图
为了某些小朋友可以展示自己的高超技术，这里提供动图保存功能。
保持他的变化状态不要停止，接下来的操作为:
Tools——Utilities——Movie Recorder
动画保存
格式任意选择自己电脑支持的，record开始记录，stop停止，make movie开始输出。
格式
让我们一起摇摆
（3）动画只是展示结果的一种手段，关键还是分析期间的作用力。
任选一个构象
操作顺序：
HBdons——Add Count to Entire Receptor
下一个对话框，选项为默认，点击ok。
分析作用力
所谓的下一个对话框
成品
氢键相互作用力图
结尾：
基本流程是这个，难以相信我是第一次使用Chimera完成这些步骤，我的专用软件为Pymol，不过看起来Chimera的功能也是很强大，值得挖掘。
PS：有问题留言
