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FANTOM5:人类增强子数据库

是一项国际性的研究项目,创建于2000年,最初的目的是对小鼠全长cDNA序列进行功能注释。随着不断发展,研究的内容在也在转录组学层面不断拓展。

2019-12-19
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EnhancerAtlas:人和小鼠的增强子数据库

EnhancerAtlas结合三种高通量数据的分析结果来预测人和小鼠中的增强子,该数据库最新版本为v2.0, 网址如下

2019-12-19
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Juicebox:Hi-C数据可视化利器

Juicer软件运行之后会得到后缀为hic的结果文件,该文件可以导入到juicebox这个工具中进行可视化。该工具是一款图形界面工具,可以方便的查看和展示Hi-C图谱,从以下链接可以下载该软件...

2019-12-19
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DENdb:human增强子数据库

DENdb采用5种不同的方法对人类不同细胞系中的增强子进行了预测,同时还提供了增强子区域与DNA内切酶超敏位点,转录因子结合区域的overlap信息,该数据库网址如下...

2019-12-19
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chip_seq在增强子研究中的应用

增强子是真核生物基因组中的一段长度在几十到几千bp之间的DNA序列,可以显著提高靶标基因的转录活性,属于顺式作用元件的一种。

2019-12-19
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Epifactors:表观因子数据库

对于DNA甲基化,组蛋白修饰,染色质重塑等表观遗传标记分子的研究迅猛发展,在相关领域已经积累了大量的认知。通过对研究表明的参与这些表观遗传机制的蛋白对应的基因,功能进行整理和归纳,构建了Epifactors数据库,网址如下...

2019-12-19
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3C的衍生技术简介

染色质构象捕获技术的发明,使得科学家可以通过实验手段来研究染色质的空间结构。传统的3C技术通量较低,只适用于分析one_vs_one的染色质互作,为了更加高效的进行3D基因组学的研究,科学家们在3C技术的基础上不断推陈出新,衍...

2019-12-19
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TAD:拓扑关联结构域简介

利用更低分辨率的Hi-C基因组互作图谱,科学家对染色质空间结构的了解不断深入。本文主要介绍TAD这种结构,TAD全称如下

2019-12-19
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解密Hi-C数据分析中的分辨率

Hi-C基于传统的染色质构象捕获技术,在DNA连接时引入生物素标记分子,标记交联的染色质,然后富集带有生物素标记的junction reads, 再结合高通量测序和下游的生物信息学分析,可以在全基因组范围内研究染色质的空间互作关系...

2019-12-19
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IHEC:国际人类表观基因组学联盟

称之为国际人类表观基因组联盟,由来自多个国家和实验室的团队共同参与,致力于提供一个公开免费的人类表观基因组学图谱,包括了正常人类和各种疾病细胞相关的数据。其公开的数据可以通过以下链接进行访问...

2019-12-19
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