是一项国际性的研究项目,创建于2000年,最初的目的是对小鼠全长cDNA序列进行功能注释。随着不断发展,研究的内容在也在转录组学层面不断拓展。
EnhancerAtlas结合三种高通量数据的分析结果来预测人和小鼠中的增强子,该数据库最新版本为v2.0, 网址如下
Juicer软件运行之后会得到后缀为hic的结果文件,该文件可以导入到juicebox这个工具中进行可视化。该工具是一款图形界面工具,可以方便的查看和展示Hi-C图谱,从以下链接可以下载该软件...
DENdb采用5种不同的方法对人类不同细胞系中的增强子进行了预测,同时还提供了增强子区域与DNA内切酶超敏位点,转录因子结合区域的overlap信息,该数据库网址如下...
增强子是真核生物基因组中的一段长度在几十到几千bp之间的DNA序列,可以显著提高靶标基因的转录活性,属于顺式作用元件的一种。
对于DNA甲基化,组蛋白修饰,染色质重塑等表观遗传标记分子的研究迅猛发展,在相关领域已经积累了大量的认知。通过对研究表明的参与这些表观遗传机制的蛋白对应的基因,功能进行整理和归纳,构建了Epifactors数据库,网址如下...
利用更低分辨率的Hi-C基因组互作图谱,科学家对染色质空间结构的了解不断深入。本文主要介绍TAD这种结构,TAD全称如下
Hi-C基于传统的染色质构象捕获技术,在DNA连接时引入生物素标记分子,标记交联的染色质,然后富集带有生物素标记的junction reads, 再结合高通量测序和下游的生物信息学分析,可以在全基因组范围内研究染色质的空间互作关系...
称之为国际人类表观基因组联盟,由来自多个国家和实验室的团队共同参与,致力于提供一个公开免费的人类表观基因组学图谱,包括了正常人类和各种疾病细胞相关的数据。其公开的数据可以通过以下链接进行访问...