轨迹推断（Trajectory Inference，TI），也称为细胞分析轨迹（differentiation trajectories）基于单细胞转录组数据，利用模型预测细胞分化过程。

网站：https://cole-trapnell-lab.github.io/garnett/

文档：https://cole-trapnell-lab.github.io/monocle3/docs/clustering/

标准处理流程：读取数据后对矩阵进行标准的处理流程，包括 QC 过滤，数据标准化以及检测差异表达的基因组。

Seurat 是一款用于单细胞数据分析的软件，它是一款 R 包。可以对单细胞数据从表达矩阵开始分析。主要可以用于 QC，根据线粒体基因比率进行过滤，细胞分群，差异基因识别，亚细胞分群以及数据可视化等功能，是单细胞研究领域非常...

Cell Ranger 是 10X genomics 官网提供的单细胞数据分析软件。可以直接输入 Illumina 原始数据 BCL 或 FASTQ 格式，Cell Ranger 集成了 10 x genomics 单细胞数据分析的一整套流程模块，可以直接进行碱基识别，文库拆分、...

资料库：10xgenomics.com/resources/document-library

一台服务器除了可以在命令行使用软件，还可以安装很多网络应用。如果有 root 管理员账号，可以很方面的配置这些网络应用，例如自己搭建一个博客系统，一个论坛或者一个 ftp文件传输系统。这个章节中我们介绍几个比较酷的网络...

当系统环境配置完成之后就可以开始安装生物软件了。生物软件安装有多种方式，可以直接使用源代码编译，也可以直接下载安装编译好的版本。当前还有 bioconda 方便管理生物软件。如果以上方式都很难安装成功软件，还可以使用...

变量是计算机编程中非常重要的一个概念。变量就是可以变化的量，与常量相反，例如一个固定的数字，字符属于常量。变量是计算机语言中能储存计算结果或能表示值的抽象概念。...