随着三代测序技术的发展，目前已经开发出多款适用于三代测序数据的比对软件，例如minimap2，ngmlr，blasr 等。

针对人基因组RNA-Seq，read跨越外显子，此时要使用支持切除read的软件，例如tophat2，升级的hisat2.而bowtie2则不行。下面我们可以来对比下。

基因家族：gene family，是指来源于同一个祖先，经过基因重复和突变而产生的一组具有序列结构与功能相似性的基因，它们编码相似的蛋白质产物。对于一个基因家族中的基因，能够编码蛋白都有同一个结构域。...

MCScanx:Multiple Collinearity Scan toolkit，MCScanX 是检测基因共线性和进化分析的软件。需要使用基因集进行自身比对。MCScanX 的输入需要两个文件：*.blast 和 *.gff。文件前缀名需要完全一致。*.blast 文件可以直接...

所谓共线性，顾名思义，表示二者在一条直线上。基因组的共线性分析也类似，主要是用一种线性图的方式来比较两个或者多个基因组是否具有较好的同源性。共线性可以是核酸水平的共线性，也可以是氨基酸水平。一般氨基酸水平具有...

全局比对是用来衡量两条序列整体的相似性，满足整体相似性最大化。若两条序列长度不同，则必须插入一些空位使所有位点都能对应起来。而局部比对则不同，两条亲缘关系较远的DNA 或氨基酸可能只在一些片段上相似，这就需要找到...

当拿到一条未知序列时，可以直接与 ncbi nt 库或者 nr 库进行 blast 比对，鉴定未知序列。

DNA、RNA 和蛋白质是三种重要的生物大分子，传统的观念认为 DNA 携带着遗传信息，蛋白质是体现生物功能的分子，而 RNA 在这二者间起传递遗传信息的桥梁作用。随着新一代测序技术的发展，越来越多的生物基因组被测序出来，而且，...

《High contiguity Arabidopsis thaliana genome assembly with a single nanopore flow cell》

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