10x 单细胞产生的BAM文件可以根据所需的barcode进行过滤。首先，将所需的cell barcode条形码放入 filter.txt中。并在barcode前面加上CB:Z:，以确保专门过滤BAM文件中的该标记，格式如下所示：...

最近遇到一个需求是将10X单细胞测序数据按照barcode分割，一般分割文件我们首先想到bamtools split,具体用法可以参考之前记录过的bamtools分割bam文件，但是由于bamtools同时打开并记录的文件数量有限制，所以用下面的分割...

NIPT用于单基因病方面的代表性技术分别是由北京贝瑞和康生物技术优先公司开发的cSMART和由湖南人和未来生物科技有限公司开发的cfBEST，这两个技术实际上都是改进的多重PCR技术，其确实能比较全面地捕获目标基因的全长cfD...

前面给大家简单的介绍了什么是免疫组库。今天小编给大家介绍一种研究免疫组库的方法。

对单细胞转录组测序而言，组织解离后的细胞悬液需要进行单细胞分离，并通过微量扩增引入barcode和nique molecular identifier (UMI)实现分子标记，最终构建成符合上机测序要求的单细胞转录组测序文库。...

本文介绍生存分析，其实，在R中，生存分析很简单，大家在网上能找到无数的文章。利用survival包就可以。就是按照下列公式就可以完成简单的生存分析。...

当你的才华还撑不起你的野心时，请潜下心来，脚踏实地，跟着我们慢慢进步。不知不觉在单细胞转录组领域做知识分析也快两年了，通过文献速递这个栏目很幸运聚集了一些小伙伴携手共进，一起成长。...

cell ranger是10X genomics公司提供的，专门用于分析10X 单细胞转录组数据的pipeline, 包含了原始数据拆分，表达定量，聚类分析等多个功能，本文主要介绍如何使用该软件来拆分原始数据。...

在传统的测序技术中，上机测序的样本是由多个细胞构成的，最后分析得出的结论也只是基于所有细胞的平均水平，但是我们知道细胞是具有异质性的，对于大脑等复杂组织而言，其细胞类型是多样的；对于肿瘤细胞而言，其细胞异质性更是尤...

然后利用Filezilla下载其中SRR7722937的R1、R2的html，打开看下