NIPT用于单基因病方面的代表性技术分别是由北京贝瑞和康生物技术优先公司开发的cSMART和由湖南人和未来生物科技有限公司开发的cfBEST，这两个技术实际上都是改进的多重PCR技术，其确实能比较全面地捕获目标基因的全长cfDNA序列，并高准确度地定性和定量目标突变位点。
我们知道OMIM上已知的单基因病就已经超过7000种了，而且数量还在不断增加，而多重PCR的劣势就是测不了太多的基因或目标区域，因为引物多到一定程度，可能会出现引物二聚体等一系列问题。而且基于PCR的高深度建库测序，PCR冗余度非常高，一般公司都会引入barcode序列来mark PCR duplication，冗余度高本身就浪费了很多测序数据。这两技术在做无创单基因病检测时候，也很容易受胚胎DNA含量、母源携带，尤其是X-linked recessive疾病的母源携带情况的困扰（父源携带的情况相对容易）。如果怀的是女胎，部分X-linked recessive疾病即使是携带，还得考虑X随机失活的情况。因此这两个公司主要用这技术在遗传病的相对高发病率（地贫、PKU等）的筛查方面，至于诊断还是相对谨慎，可能还是得以羊水穿刺为准。
因为单基因病种类多，各种疾病在医院都可能出现，很多疾病在某些医院很可能是第一次碰到，因此公司得为这种疾病相关的基因设计引物，疾病多了就相当于每种疾病都得定制引物，就更加不利于商业化推广了。收费本来就不高，定制化程度又高，又做不了诊断，所以公司很难有进一步推动这个技术发展的动力。
而这两个技术在肿瘤ctDNA检测用于指导靶向用药方面却应用得很火，其检测的主要是热点基因的热点突变，数量不多，非常明确，而且可精准指导后续用药决策。其检测的目的主要在于定性有没有突变的问题，检测的灵敏度高不高，不像无创单基因病存在母体干扰的情况，所以在无创单基因病产前诊断方面仍需要进一步突破。不仅仅是在检测的准确性（定性和定量），在检测的疾病种类数量多少方面也需要进一步突破。
