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从一套表达和通路数据学习常见的绘图展示方式和报错处理

加载需要的包library(dplyr)library(ggpubr)library(tidyr)library(ggplot2)library(pheatmap)library(ggstatsplot)library(Hmisc)读入数据’row.names’里不能有重复的名字 Duplicate ...

2022-01-18
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绘制KOLMOGOROV-SMIRNOV KS检验图ECDF经验累积分布函数曲线

Kolmogorov-Smirnov是比较一个频率分布f(x)与理论分布g(x)或者两个观测值分布的检验方法。其原假设H0:两个数据分布一致或者数据符合理论分布。D=max| f(x)- g(x)|,当实际观测值D>D(n,α)则拒绝H0,否则则接受H0假设。KS...

2022-01-13
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R语言ggplot2做簇状柱形图并添加误差线的一个完整示例

原始数据存储在一个excel文件里,这个excel文件里有三个子表格,每一个子表格的数据如下:

2021-12-13
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跟着Molecular Ecology学数据分析:使用R语言对群体SNP数据做主成分分析

找到了一本电子书 https://bookdown.org/hhwagner1/LandGenCourse_book/ 里面用到这篇文章的数据做了群体PCA,今天的推文我们试着重复一下这本电子书中的代码

2021-12-01
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R语言做单倍型网络(haplotype network)的一个小例子

先在的群体大部分都是snp数据,对应的vcf文件,如果拿到vcf格式的文件接下来改怎么处理

2021-12-01
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跟着Nature Communications学画图:R语言ggplot2画带有底纹的柱形图

做柱形图填充用到的函数是geom_col_pattern(),填充的内容有4个,分别是 'stripe' (default), 'crosshatch', 'point', 'circle'

2021-11-23
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跟着Nature学作图:R语言ggplot2画带有置信区间的折线图展示核心基因和非必需基因的数量

鹰嘴豆基因组重测序论文,涉及到了泛基因组。最近朋友圈好多人转发这个论文。就找到原文来看了看。论文里的Figure1a 基本上泛基因组的论文都会涉及到,正好论文提供了作图的原始数据,所以我们用原始数据尝试来模仿一下。...

2021-11-16
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R语言ggplot2做柱形图并在指定的位置添加灰色背景

ggplot2作图X轴默认坐标轴的刻度是朝下的,Y轴默认的刻度是朝左的,如果要改为朝上和朝右,该如何设置。之前也有人问过这个问题

2021-11-16
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8种方法可视化你的单细胞基因集打分

偶尔逛朋友圈发现一年前跟着我们生信技能树学生信的研究生开发了自己的单细胞数据分析相关R包,4(热图,气泡图,upset图,堆叠条形图)+4(密度散点图,半小提琴,山峦图,密度热图)美图吸引了我的注意力,果断邀稿,希望可以介绍他的R包使用...

2021-10-21
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R 语言常用操作与函数汇总

总结了一下 R 语言中常用的一些操作与函数使用,抛砖引玉,分享一下给大家,如有错误的地方欢迎留言指正。

2021-10-15
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