在数据可视化中，地图是很重要的一部分。很多情况会与地图有关联，如中国各省的人口多少，GDP多少等，都可以和地图联系在一起。
一般来说，GEO数据库的每个GPL平台都有对应的网页，而且可以获取其详细信息的txt文本文件，比如：https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc
输入数据是数值型矩阵/数据框，颜色的变化表示数值的大小。有相关性热图和差异基因热图。
生成Group向量的三种常规方法，三选一，选谁就把第几个逻辑值写成T，另外两个为F。如果三种办法都不适用，可以继续往后写else if
GEO数据挖掘—3富集分析（一）GO富集分析（用差异基因做富集）输入数据#(1)输入数据gene_up = deg$ENTREZID[deg$change == 'up'] gene_down = deg$ENTREZID[deg$change == 'down'] gene_diff = c(gene_....
差异分析可视化rm(list = ls()) load(file = "step1output.Rdata")load(file = "step4output.Rdata")# 火山图library(dplyr)library(ggplot2)dat = distinct(deg,symbol,.kee...
geoChina的用法#数据下载rm(list = ls())library(GEOquery)#先去网页确定是否是表达芯片数据，不是的话不能用本流程。gse_number = "GSE28345"library(AnnoProbe)eSet <- geoChina(gse_number, destdir......
GEO数据挖掘—2四、代码分析流程1. 下载数据并从中提取有用信息gse_number = "GSE56649"eSet <- getGEO(gse_number, destdir = '.', getGPL = F)#(1)提取表达矩阵expexp <- exprs(eSet)dim(exp)exp[......
logFC > 0，treat>control，基因表达量上升（而不是上调，上下调要结合p值来定义）
在GEO上搜索数据，下载其表达矩阵（如果以M为单位，说明文件可用；如果大小只有K，说明文件不可用）
