最近在学习复现Cellular heterogeneity during mouse pancreatic ductal adenocarcinoma progression at single-cell resolution，这篇文章的内容。这里记录下Fig1和Fig2的复现过程。

最近在复现Cellular heterogeneity during mouse pancreatic ductal adenocarcinoma progression at single-cell resolution 这篇文章的聚类分群时注意到论文图中把细胞亚群的比例也显示在图中，如图...

S4类是R语言中一种更为严格和复杂的面向对象编程方式。与更简单的S3类相比，S4类提供了更高的灵活性和严格性，适用于需要明确结构的复杂数据和应用场景。...

拟时序分析（Pseudotime Analysis）在单细胞测序（Single-cell RNA-seq）中是一个重要的分析步骤，主要用于研究细胞在发育过程或其他生物学过程中所经历的状态变化。与传统的时间序列不同，拟时序分析不依赖于实际的时间信息，而是...

读写过程中需要将一个GSE数据集中多个样本的seurat对象合并成一个大的seurat对象

进行数据集GSE105789上游分析的时候，总共才四个数据集，使用prefetch下载的时候，不知道网络抽了什么风，速度一直都很慢。下了10个小时才下了三分之一。!...

如果一个数据集我们采用了两种方法对其进行了分析，可采用如下方法比较两个Seurat分析结果中细胞簇和细胞类型的对应关系。

刚开始做单细胞测序的下游分析时，常用的是官方文档提供的pbmc3K数据集，但是我对注释出来的细胞类型缺乏相应的背景知识，对单细胞测序背后的生物学意义也很模糊，这里首先对pbmc3K数据集注释出来的细胞类型进行简单的梳理。...

Seurat里的FindClusters函数设置的resolution数值越大，分群的数量就越多，但是当单细胞数量太多的时候，会遇到resolution再变大，分群的数量也不再增加的情况。一次分群分不开时就会需要二次分群。...

list，是R的数据类型中最为复杂的一种。一般来书，列表就是一些对象（或成分，component）的有序集合。列表允许整合若干（可能无关的）对象到单个对象名下。...