不过一直没有使用singleR自己有的celldex数据包里面的参考数据库，所以这期就一起来看看下载需要的celldex参考数据库，以及使用singleR注释的方法。

在单细胞转录组分析中，偶尔会出现电脑内存有限等情况，无法直接读取所有数据，这种时候可以考虑分析部分数据。

生信技能树-数据挖掘课程笔记文件读写#读取csv文件csv = read.csv(“test.csv”)csv = read.csv("test.csv",header = T) #将第一行作为列名csv = read.csv("test.csv",row.names = 1,check.names = F......

现在有了高质量的细胞，可以继续工作流程。最终，希望对细胞进行聚类并识别不同的潜在细胞类型，但是在那之前需要完成几个步骤。下面的工作流程示意图中的绿色框对应于QC 后采取的步骤，共同构成了聚类工作流程。...

在命令行运行下面的命令，如果是root帐号，请去除sudo，其他系统参考 > Install R

这里参考snakemake的写法，每个分析步骤创建一个yaml文件，里面是用到的软件及版本。首次运行检测该步骤环境存在，不存在先安装软件初始化。