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celldex数据库及singleR自动注释使用

不过一直没有使用singleR自己有的celldex数据包里面的参考数据库,所以这期就一起来看看下载需要的celldex参考数据库,以及使用singleR注释的方法。

2024-07-27
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国产空转工具推荐 | STRIDE:使用scRNA-seq对空间转录组进行精准的整合分析

2022年3月,来自同济大学的科研团队在《Nucleic acids research》发表了一种基于主题模型的空间转录组学去卷积方法:STRIDE,通过机器学习方法及数据整合,将空间转录组学数据提升至单细胞精度。...

2022-09-28
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Science Advances:利用iSpatial对全基因组空间表达进行精确推断

空间分辨转录组分析可以揭示组织结构和环境依赖性细胞-细胞或细胞-环境相互作用的分子机制。由于目前的技术限制,以单细胞分辨率获得全基因组空间转录组是一项挑战。近日,《Science Advances》发表了一个名为iSpatial的...

2022-09-28
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webSCST:一个用于scRNA-seq和空间转录组数据整合分析的web工具

作为一项新兴技术,空间组测序通常要么昂贵,要么耗时,而且不同的研究结果的格式也大不相同。另外,由于整合工具发展迅速,目前尚未有金标准。因此,用户一般需要尝试几种不同的工具来获得有生物学意义的结果。此外,由于不同的工...

2022-08-18
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