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不同数据库的转录因子差异如何

高通量测序在这几年火速发展,常规的RNA-seq分析是我们先找到合适的相关基因,然后进行下游靶基因的验证。其实,研究调控基因上游的转录因子更能加深后期机制研究的深度。通过转录因子注释和表达量聚类分析,再结合WGCNA分析...

2023-10-24
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单细胞转录组实战06: pySCENIC转录因子分析(原理)

转录因子(transcriptionfactor, TF)是直接作用于转录组上,调控DNA转录的蛋白质。它通过与DNA特定区域结合(TFBS/motif),促进(activator)或阻止(repressor)DNA的转录过程,了解转录因子对于解析细胞的功能及生命活动有重要作用...

2023-02-19
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EaSIeR包预测免疫治疗反应

恶性肿瘤细胞可通过多种方式干扰肿瘤微环境的免疫细胞以减弱对肿瘤细胞的杀伤作用并诱导免疫细胞免疫耐受。而肿瘤微环境固有的复杂性,多细胞的动态特性,对获取免疫反应生物标志物和预测免疫治疗效果提出了巨大挑战。因...

2022-12-16
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码云gitee使用教程 以及在vs(vistual studo)中使用gitee作源码控制

如果你是net程序员,使用vistual studio工具开发。想把代码加入源码控件的话,局域网里推荐使用vss或tfs,这2个都是微软自家出品。如果你想放到互联网上,推荐使用github或gitee,这2个工具一个是国外的,一个是国内的。国内的话...

2022-10-28
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Nat. Genet. | 哺乳动物胚胎发生细胞轨迹的系统重建

本文介绍由美国华盛顿大学基因组科学系的Chengxiang Qiu和美国洛克菲勒大学Junyue Cao等人共同发表在 Nature Genetics 的研究成果:作者着手整合几个与小鼠原肠胚形成和器官形成相关的单细胞RNA序列数据集。此外,作者定...

2022-04-19
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Nature子刊!肺癌四个阶段的单细胞转录图谱!

今天小编为大家带来一篇NC的单细胞经典范例文章,作者使用单细胞测序揭示了肺腺癌进展的四个阶段中细胞和分子水平的变化。文章题目为Deciphering cell lineage specification of human lung adenocarcinoma with singl...

2022-03-29
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【生信文献200篇】07 时间序列单细胞转录组数据分析

英文标题:Optimal-Transport Analysis of Single-Cell Gene Expression Identifies Developmental Trajectories in Reprogramming

2021-02-03
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Scrum 实操流程

Scrum 是用于开发、交付和持续支持复杂产品的一个框架,是一个增量的、迭代的开发过程。

2020-09-08
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4分+非肿瘤纯生信:基于ceRNA网络的成骨细胞分化功能基因鉴定

大家好,这次给大家分享一篇2020年3月发表在J. Cell. Physiol杂志上的文章,影响因子4.522。同样是非癌症类的文章,重点研究成骨细胞分化中起到功能性作用的lncRNA。...

2020-05-26
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多组学技术揭示人视网膜调控动力学

今天带来的这篇文章2020年2月刊登在Science Advances上,题为:Chromatin accessibility analysis reveals regulatory dynamics of developing human retina and hiPSC-derived retinal organo......

2020-05-26
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