Physics.Overlap **功能:**以自身形状,向外,发射设定好长度大小的射线。可获取到射线检测到的物体。
Pacbio 测序数据与 nanopore 测序数据均为长读长测序,且二者数据质量类似,因此很多软件同时支持 pacbio 与 nanopore 数据,例如 canu,flye,wtdbg,miniasm,smartdenovo等软件均同时支持两种数据。但需注意如果 pacbio 测序为 ...
该文章中对 20 个细菌基因组进行测序,每个样本分别进行了 illumina,pacbio 以及 nanopore测序。比较三种数据的拼接结果。其中两株细菌已包含发表出来的全基因组序列。...
通常,基因集富集分析的结果(例如使用 limma::fry、singscore 或 GSEA)由一长串基因集组成。然后生物学家必须搜索这些列表,以确定新出现的主题来解释改变的生物过程。这项任务可能是劳动密集型的,因此需要解决方案来总结来...
记录下自己对RNA-seq基因注释的学习,并对Drop-seq软件包中的注释模块进行代码研读
这里的a为A数据集的基因数,b为B数据集的基因数,inter为两者交集的基因数。 计算韦恩图P值的代码为
在 Toolbox 中,打开 Mosaicking /Seamless Mosaic,启动图像无缝镶嵌工具 Seamless Mosaic,镶嵌的主要流程如下:
https://microbiomejournal.biomedcentral.com/articles/10.1186/s40168-020-00909-7
当前主流测序平台的数据存储格式无外乎两种,FASTQ(Illumina, MGI),BAM(Life Ion Torrent,PacBio),对于 BAM 文件,通常也需要先转换成 FASTQ 文件后再进行质控处理。...
韦恩图固然是一种展现方式,可以看到3个样品各自的上下调基因的overlap情况,基本上呢,随机生成的数值它们的overlap不咋地!