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开箱即用版本 满分室间质评之GATK Somatic SNV+Indel+CNV+SV(2024-04-30更新)

测试数据来自2017年卫计委室间质评提供的bed文件(pipeline会自动下载)和测试数据,修改命名以匹配pipeline输入端,也可以替换为自己的数据文件,因为室间质评目前参考基因组还停留在hg19版本,所以本流程仍然使用hg19(GRCH37),如...

2024-05-03
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Sentieon DNAscope白皮书:做胚系遗传变异检测,比GATK更好的选择

DNAscope模块,是Sentieon软件的一个精准高效的胚系变异检测模块。其在GATK基础上优化了核心算法,在继承GATK成熟且完整的BAM预处理流程的同时,引入机器学习基因分型模型。相比于GATK金标准而言,在大幅降低计算成本的情况...

2022-11-09
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Sentieon软件发布202112.06版本更新

Sentieon 软件忠于BWA、GATK、MuTect、MuTect2、STAR、Minimap2等金标准的数学模型,在保证完全匹配开源分析方案结果的前提下,计算效率提升15倍以上。Sentieon为大群组项目提供一站式Joint Calling解决方案,可同时处理10...

2022-11-09
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Hap-Eval:Sentieon团队开发的开源结构变异SV准确率评估工具

Sentieon开发的Hap-eval准确率评估工具在设计之初就考虑到了复杂以及重复的基因组区域,采用了基于单倍型拼接序列的矩阵比较模式,兼容包括PacBio和ONT在内的主流三代长读长测序数据。另外值得一提的是,Hap-eval基于pytho...

2022-11-09
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