对单细胞转录组测序而言，组织解离后的细胞悬液需要进行单细胞分离，并通过微量扩增引入barcode和nique molecular identifier (UMI)实现分子标记，最终构建成符合上机测序要求的单细胞转录组测序文库。...
项目需求分析是一个项目的开端,也是项目建设的基石。在以往建设失败的项目中,80%是由于需求分析的不明确而造成的。因此一个项目成功的关键因素之一,就是对需求分析的把握程度。...
当你的才华还撑不起你的野心时，请潜下心来，脚踏实地，跟着我们慢慢进步。不知不觉在单细胞转录组领域做知识分析也快两年了，通过文献速递这个栏目很幸运聚集了一些小伙伴携手共进，一起成长。...
细胞计数由检测到的唯一细胞条形码的数量确定。在基于液滴的实验方案中，细胞条形码存在于水凝胶中，并与单个细胞和裂解/反应混合物一起包裹在液滴中。虽然每个水凝胶都应该有一个与之相关的细胞条形码，但有时一个水凝胶...
cell ranger是10X genomics公司提供的，专门用于分析10X 单细胞转录组数据的pipeline, 包含了原始数据拆分，表达定量，聚类分析等多个功能，本文主要介绍如何使用该软件来拆分原始数据。...
在传统的测序技术中，上机测序的样本是由多个细胞构成的，最后分析得出的结论也只是基于所有细胞的平均水平，但是我们知道细胞是具有异质性的，对于大脑等复杂组织而言，其细胞类型是多样的；对于肿瘤细胞而言，其细胞异质性更是尤...
fastp是最近新出的一款NGS数据质量过滤工具，相比传统的QC工具，有两个主要特点，第一个就是运行速度快，第二个就是提供了质控前后数据详细统计结果。github地址如下...
今天介绍的文献于2020年2月6号发表在Cell Stem Cell 上，文章题目是： The Dynamic Transcriptional Cell Atlas of Testis Development during Human Pubert
通过比较图7.6和图7.13，很明显基于read的过滤比基于UMI的分析去除了更多的细胞。如果您返回并比较结果，您应该能够得出结论，ERCC和MT过滤器对于基于read的分析更严格。...
