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用R代替简单的cytoscape绘图需求

之前,我一般都是首选cytoscape软件,将数据导入cytoscape以后,就可以绘图。但是cytoscap的缺点是:第一个cytoscape软件下载和运行占用空间比较大,第二个需要手动调节每一个节点,或者批量调节节点,比较费时费力。所以我比较希...

2020-05-26
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笔记 | GWAS 操作流程4-2:LM模型+数值协变量

上一篇,我们介绍了数量性状进行GWAS的一般线性模型分析的方法(笔记 | GWAS 操作流程4:LM模型assoc),这里我们考虑一下数字协变量,然后用R语言进行对比。...

2020-05-26
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R语言公益课程之bioconductor

我们有一个《R语言公益课程之基础绘图》,虽然说绝大部分入门了R语言的朋友,都实际上根本不需要使用R语言的base函数绘图。但是其实这个绘图本身,也是可以有很多玩法。(录屏以及课程资料也是在对应的钉钉群哈,见文末)...

2020-05-25
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dplyr-cli:在Linux Terminal上直接执行dplyr

熟悉R的朋友都会知道, dplyr包是对原始的数据集进行清洗、整理以及变换的有力武器之一。但是其使用会局限于你需要有打开R/R studio或者通过R脚本来执行 dplyr。对于这个问题,今天即将需要介绍的 dplyr-cli就能很好的解...

2020-05-19
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使用矩阵操作回归分析兼论学习方法

这是一个描述女性身高和体重的数据,我们以height为X变量(自变量),以weight为Y变量(因变量),进行模型的计算。

2020-05-18
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生物信息学数据管理习题 Python3

这是我两三年前学习过的一本书,我觉得这本书挺好,把生物学的问题直接在python学习中解决了,推荐给大家,之前还整理了习题代码,分享一下。之前分享在了github上,收获了10颗星,惭愧,已经是我最多星的一个。还有一两个习题记得没...

2020-05-18
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作为研究生,你还事事都要别人帮忙吗?

有粉丝问,为什么这几天不更新了。跟大家解释一下,由于近期科研猫技术全员被“抓壮丁”,攻关项目研发,所以近期公众号不定时更新。我们一向还是秉承宁缺勿滥,只出精品的原则,每一篇文章都是对大家有帮助的精品文章。另外,剧透...

2020-05-15
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R语言公益课程之基础绘图

考虑到有几个细节知识点大家自学会有一点困难,我们生信技能树团队恰好有时间,就做几次公益授课,带领大家一起学习哈。已经有的一个是:免费Linux直播培训 ,带领了五百多朋友购买了云服务并且成功使用了,现在进去,还是可以看录...

2020-05-14
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基于家系数据的GWAS分析

通过GWAS分析可以寻找与某一疾病或性状相关的突变位点,传统的GWAS都是基于control/case的设计,通过比较健康人群和患病人群中突变位点或者基因型频率的差异,最终确定相关的位点。...

2020-05-11
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IBS在遗传分析中的运用

IBD 全称 Identity By Descent, 又叫做血缘同源,指的是两个个体中共有的等位基因来源于共同祖先;IBS全称Identity By Descent, 又叫做状态同源,指的是两个个体中共有的等位基因序列相同。...

2020-05-11
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