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把bam文件读入R,并且转为grange对象

但是把读入的数据变成grange对象就需要一点点技巧,下面演示如何创建grange对象samtools等命令行工具有多复杂的功能和技巧, 那么这个R包就可以多复杂,如果你学习足够努力,那就发一个你比较Rsamtools和samtools命令行工具...

2018-12-24
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在R里面使用Rsubread完成组学分析全套流程

这里演示一下传统的RNA-seq数据的表达量分析全流程, 安装Rsubread包后会有自带的测序数据如下:

2018-12-24
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R语言第二章数据处理③删除重复数据目录总结

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2018-12-24
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R语言第二章数据处理④数据框排序和重命名目录

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2018-12-24
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R语言第二章数据处理②选择行

可以使用函数sample_n()选择n个随机行,也可以使用sample_frac()选择行的随机分数。 我们首先使用函数set.seed()来启动随机数生成器引擎。 这对于用户重现分析非常重要。...

2018-12-24
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手把手教你进行R语言的安装及安装过程中相关问题解决方案

这篇文章旨在为R语言的新手铺砖引路,行文相对基础,希望对在R语言安装上有问题的小伙伴提供帮助和指引。

2018-12-20
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Elixir vs. Ruby和Phoenix vs. Rails:选择什么和为什么

几年来,Web开发人员一直在积极讨论一种名为Elixir的新编程语言及其最受欢迎的Phoenix框架。 Elixir与Ruby和Phoenix vs. Rails是最受欢迎的主题之一,因为Elixir引起了Ruby开发者社区的最大兴趣。...

2018-12-19
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R语言之可视化①⑥一页多图(2)目录

cowplot包是ggplot2的简单附加组件。 它旨在为ggplot2提供一个出版物就绪的主题,这个主题需要最少量的轴标签尺寸,情节背景等。对'ggplot2'库的一些有用的扩展和修改。 特别是,这个软件包可以很容易地将多个&#...

2018-12-14
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R语言之可视化①④一页多图(1)目录

这里要分享一页多图其实就是指,在做了很多图的情况下,如何将诸多图表合理的布局在一张大的版面上,而不是一幅一幅的导出最后在其他软件中手动拼凑。这个技能在制作多图仪表盘场景下,将会特别有用。还需要强调下这里所指的...

2018-12-14
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R语言之可视化⑨火山图

====================================== 火山图可以方便直观地展示两个样本间基因差异表达的分布情况。通常横坐标用log2(fold change)表示,差异越大的基因分布在两端,纵坐标用-log10(pvalue)表示,T检验显著性P值的负对数。...

2018-12-13
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