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R语言中COX模型构建

COX回归模型,又称“比例风险回归模型(proportionalhazards model,简称Cox模型)”,是由英国统计学家D.R.Cox(1972)年提出的一种半参数回归模型。该模型以生存结局和生存时间为应变量,可同时分析众多因素对生存期的影响,能分...

2019-07-31
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R语言中相关性分析可视化

相关系数的计算大家都不陌生,那么如何让相关系数转变为可视化的结果成为大家比较头疼的事情,今天我们来介绍下R语言中相关系数的可视化实现方法。...

2019-07-31
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R语言实现GWAS曼哈顿图的绘制

GWAS(Genome-wideassociation study),即全基因组关联分析,是指在人类全基因组范围内找出存在的序列变异,即单核苷酸多态性(SNP),从中筛选出与疾病相关的SNPs(摘自百度百科)。如何让GWAS的结果可视化,我们就用到了曼哈顿图来展示...

2019-07-31
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R语言中颜色搭配以及圆形条形图展示

大家在绘制图的时候是不是有的时候老师纠结颜色的搭配。今天给大家介绍一个可以自动搭配颜色的R包RColorBrewer。R包的安装载入就不再赘述。直接进入主题。...

2019-07-31
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R语言绘制Circos图

Circos图加拿大的生物信息科学家 Martin Krzywinski 开发的,最初主要用于基因组序列相关数据的可视化。现在越来越多的领域把Circos图引入其中。今天我们介绍在R语言中如何绘制Circos图。...

2019-07-31
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R语言绘制errorbar的过程解析

errorbar图在很多文章中都是可见的,其意义也就是展现两组数据的差异性,柱高代表的一组数据的均值,顶部的横线代表的该组数据的标准差。为了方便广大学者也有很多现成的工具可以绘制errorbar图,例如ploty,origin甚至Excel都...

2019-07-31
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R语言之列线图的绘制应用

线图(AlignmentDiagram),又称诺莫图(Nomogram图),它是建立在多因素回归分析的基础上,将多个预测指标进行整合,然后采用带有刻度的线段,按照一定的比例绘制在同一平面上,从而用以表达预测模型中各个变量之间的相互关系。其优势在...

2019-07-31
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R语言之基因表达可视化实现

基因表达的差异性分析是生物信息学中的必经之路。那么,基因表达差异的可视化展示也就具有了很重要的地位。首先我们介绍下目前在基因表达差异性可视化中的集中展示形式:...

2019-07-31
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R包的深入解析

当我们在使用很多R包的时候总会有些包里面的函数引发我们的好奇心,总想去看看他们具体怎么实现的,今天我们就来讲下如何去解析一个别人写好的R包。...

2019-07-31
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R语言windows环境下R包的构建与.gz包的导入

大家应该很熟悉windows下的R语言,并且也知道如何安装R包。但是呢,如果对于我们这种Linux小白很好奇那些只有在Linux下才能用的包怎么能让我们在windows下体验下呢。那么,作为神一样的R语言简直无所不能,他们开发了Rtool,这...

2019-07-31
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