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R语言实现GWAS数据文件格式转化

全基因组关联分析(GWAS)大家都不陌生,今天我们给大家介绍下各种格式之间转化在R语言是怎么实现的。首先我们来看下GWAS都有哪些数据格式:

2019-07-31
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R语言内存的管理

R语言中内存是我们平时不怎么注意的一个方面,但是R语言的内存占有率还是很高的。尤其是在对大型数据的处理过程中,每当你复制你的变量或者创建新的变量都会占用新的内存空间。当然Windows系统中R语言会自动去调节自身的...

2019-07-31
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R语言图形交互基础二(页面布局)

前面我们介绍了shiny这个包的基础用法,今天我们给大家介绍下如何设定各个元素的布局。其中用到了很多函数我们在此进行一一的描述,真正让大家体验下R语言中的网页前端。首先我们看下页面的类型:...

2019-07-31
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R语言实现突变信号(Mutational Signatures)分析

突变信号(Mutational Signatures)首次2013年在《nature》进行报道。并做了相关的定义:细胞在成长过程中,基因组不断受到内源性和外源性DNA损伤的威胁,正是由于这些威胁,使得细胞基因组不断发生变化,并最终发生一些突变的积累...

2019-07-31
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方差,协方差,相关系数,你真的都懂吗?

提到方差,大家都不陌生在R语言实现很简单,一个命令var()。但是提到方差的应用,你是否了解?

2019-07-31
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R语言之系统进化树的美化

百度百科对进化树的定义是:在生物学中,用来表示物种之间的进化关系。生物分类学家和进化论者根据各类生物间的亲缘关系的远近,把各类生物安置在有分枝的树状的图表上,简明地表示生物的进化历程和亲缘关系。在进化树上每个...

2019-07-31
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R语言之基因突变数据的可视化

基因组的可视化是对于数据的理解很重要的一个部分,今天给大家介绍一个基因组突变以及临床数据可视化的R包GenVisR。此包安装源为bioconductor。安装的过程我们就再赘述了,大家可以直接参看bioconductor的官网。下面我们...

2019-07-31
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R语言实现基因组浏览器可视化功能

做生物信息的同仁们应该对基因组浏览器(IGV)都很熟悉,今天给大家介绍下在R语言中如何实现基因组的浏览。首先我们需要用到R包Gviz。其安装主要是用到bioconductor源,如果R版本>3.5可以运行下面的代码:...

2019-07-31
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R语言实现质谱峰的可视化

今天给大家介绍一下如何把我们在质谱中的原始数据进行质谱峰的可视化展示,质谱峰代表了在某一个质荷比值的峰强度。那么如何在R语言中重建这些峰呢。我们今天就来给大家介绍下基于MALDIquant包和MALDIquantForeign包的...

2019-07-31
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R语言中绘图的注释函数小结

我们知道一个漂亮而清晰的图像的形成指定缺不了图像中细节的注释。那么今天我们就来总结下在R语言中那些注释函数。

2019-07-31
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