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2020-03-05
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文献笔记五十六:武汉新型冠状病毒的进化分析2

论文题目Evolution of the novel coronavirus from the ongoing Wuhan outbreak and modeling of its spike pr

2020-03-03
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ggtree学习笔记2

geom_tiplab()函数中的一些参数align=T 标签右对齐linesize = 16 标签右对齐后会有线连接,设置线的粗细linetype = 1 设置线的类型,默认是虚线offset=2设置标签距离枝末端的距离...

2020-03-03
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根据vcf文件计算SNP密度并用circlize可视化结果

参考收集vcftools所有用法命令vcftools --vcf snp.bialles.vcf --SNPdensity 100000 --out StatResults/SNPdensity100000 是指定窗口长度--out 是输出文件的前缀使用R语言中的circlize包画图参考用circl......

2020-03-03
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大肠杆菌全基因组重测序变异检测小实例(侧重变异过滤)

未找到原文所用数据,本文使用GATK4.0和全基因组数据分析实践(上)文章中的大肠杆菌基因组作为参考序列,使用wgsim软件模拟生成双端150bp测序数据

2020-03-03
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R语言ggplot2环形图小例子

https://www.r-graph-gallery.com/128-ring-or-donut-plot.html

2020-03-03
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全基因组关联分析(GWAS)学习笔记——3.2

这一步突然多出来一个inversion.txt文件,怎么来的还不太清楚使用到的命令是

2020-03-03
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全基因组关联分析(GWAS)学习笔记——3.1

参考Create VCF from .bim, .bed and .fam files

2020-03-03
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Top50ggplot2Visualizations_第2幅:面积图

就是由图A变成图B;应该有很多方法可以实现,这里我使用geom_segment()函数geom_segment()函数需要四个参数:起点位置坐标和终点位置坐标,默认是实线;通过linetype参数修改线型。上面图片的实现代码...

2020-03-03
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动植物基因组大小粗略比较

在知乎看到问题 为什么植物基因组比动物基因组大(为什么植物基因组似乎比脊椎动物拥有更多的基因?)?印象里好像也不一定,因为拟南芥的基因组也才100多M,自己之前也看到过有些鱼的基因组也可以达到1G的级别。所以到NCBI网站...

2020-03-03
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