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识别无监督类的工具包ConsensusClusterPlus

一致性聚类(Consensus Clustering)是一个能够确定数据集(微阵列基因表达)中可能聚类的数量和成员的方法。这种方法在癌症基因组学研究中广泛普及,用于发现新的疾病的分子亚型。...

2022-03-29
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ROC曲线不用愁,四种R包教你一步搞定!

前面我们介绍了一个对有害同义突变预测的方法PrDSM,可以发现,在对模型的分析中,大量的使用ROC对模型进行评估,今天我们就来介绍一下ROC的相关内容和两种ROC绘图方法:pROC、plotROC、ggROC和ROCR。...

2022-03-29
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vioplot--一行代码搞定小提琴图

小提琴图是帮助研究人员可视化数据的强大工具,尤其是在分析的质量检查和探索部分,小提琴图比箱线图更灵活地绘制变化。

2022-03-29
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Perl 版Circos -绘图篇-scatter plot绘图

正如之前介绍的一样,plot绘图包括scatter, line, histogram, heatmap等绘图模式。今天小编从scatter散点图开始介绍plot的绘图内容。

2022-03-28
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Perl 版Circos -绘图篇-line plot绘图

上文介绍了scatter plot绘图,相信大家对plot模块有了一定的了解。今天小编将介绍line plot 的绘图内容。

2022-03-28
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ARIMA模型、随机游走模型RW模拟和预测时间序列趋势可视化

当一个序列遵循随机游走模型时,就说它是非平稳的。我们可以通过对时间序列进行一阶差分来对其进行平稳化,这将产生一个平稳序列,即零均值白噪声序列。例如,股票的股价遵循随机游走模型,收益序列(价格序列的差分)将遵循白噪声...

2022-03-05
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分类回归决策树交互式修剪和更美观地可视化分析细胞图像分割数据集

绘制分类或回归树的基本方法的 rpart() 函数只是调用 plot。然而,总的来说,结果并不漂亮。事实证明,一段时间以来,有一种更好的方法来绘制 rpart() 树。...

2022-03-05
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明明是一个热图就能搞定的事情为什么要复杂到蛋壳图呢

并且做了一个简单的可视化,见:CellPhoneDB的单细胞通讯结果的可视化之气泡图,差不多让大家理解了所谓的细胞通讯, 就是在两个不同单细胞亚群里面,各自高表达受体配体基因对里面的一个。比如CD74_MIF 和 C5AR1_RPS19 这两...

2022-03-03
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千里江山送与你

山峦图,英文名叫做ridge plot,其本质上是密度图(density plot),其实中文并没有统一的称呼,但是由于其外貌高低不平,形似山川,一般称呼其为“山峦图”。山峦图的用法与小提琴图、箱形图相似,主要用于可视化数据的分布情况,而外...

2022-01-17
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TCGA的Cox森林

Molcular Profile Cox Analysis输入一个你想要的基因,比如RAC3,`Select Measure forplot可以设置OS,PFI,DSS和DFI`,然后点上方的搜索

2021-12-06
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