今天跟大家分享的是2020年2月发表在Aging（IF：5.515）杂志上的一篇文章。在文章中作者通过重新分析癌症基因组图谱TCGA-PAAD（胰腺癌）数据库，发现了一个与转移相关的lncRNA。然后，验证了ENSG00000254041.1的表达情况和预后意义...

SMART（Switching mechanism at 5’ end of the RNA transcript）是一个具有里程碑意义的重要技术。在2012年由美国和瑞典科学家共同开发，发表在《Nature Biotechnology》。作为一种单细胞测序方案，它能够在覆盖完整的转录...

单细胞转录组技术梳理（一）单细胞转录组技术梳理（二）单细胞转录组技术梳理（三）

参考： https://github.com/velocyto-team/velocyto.R/issues/16

由上面的介绍我们知道miRNA是由可以折叠成茎环结构的的RNA产生的，由此我们可以想到只要预测基因组序列中可以折叠成茎环结构的区域就可以对miRNA进行预测了，但是只通过这一个标准来预测难免会带入太多的假阳性；我们又想...

大家晚上好，今天给大家介绍一个可以处理FASTA文件的包-Biostrings。这个包主要是处理基因组的一些序列信息，包括：序列翻译、DNA/RNA互转、统计各个碱基的含量、三连字母的含量.....这些都是一行命令可以解决的。今天就先...

长链非编码RNA（Long non-coding RNA）, lncRNA是一类本身不编码蛋白、转录本长度超过200nt的长链非编码RNA分子，它可在多层面上（表观遗传调控、转录调控以及转录后调控等）调控基因的表达。lncRNA最初被认为是RNA聚合酶II转...

现在常用的基因定量方法包括：RPM, RPKM, FPKM, TPM。这些表达量的主要区别是：通过不同的标准化方法为转录本丰度提供一个数值表示，以便于后续差异分析。...

18年nature发了一篇单细胞方法类文章，讲得就是如何利用RNA velocity来做细胞发育路径的推断。

有的时候数据中有NA，可以聚类出来，但是有的时候就会报一个这样的错误： “Error in hclustfun(distfun(x)) : NA/NaN/Inf in foreign function call (arg 11)”