Bulk vs scRNA-seq.pngBulk RNA-seq : 它测定的是一个大的细胞群体中的每一个基因的平均表达水平。对比较转录组学、找疾病标志物、同质系统等研究非常有帮助。...

经过预处理之后的数据，就可以进行差异分析了。对于甲基化芯片而言，有两个方面的差异分析

在传统的测序技术中，上机测序的样本是由多个细胞构成的，最后分析得出的结论也只是基于所有细胞的平均水平，但是我们知道细胞是具有异质性的，对于大脑等复杂组织而言，其细胞类型是多样的；对于肿瘤细胞而言，其细胞异质性更是尤...

在mirdeep软件的分析结果中，会提供miRNA前体的二级结构，这个结果实际上是通过调用RNAfold来实现的，该软件是一个经典的预测RNA二级结构的软件，网址如下...

在转录组的数据分析中，定量和差异分析是基础分析内容，对于mRNA的定量，直接将reads比对参考基因组进行定量即可，但是对于miRNA数据而言，这样的操作方式就不合适了。...

对于预测到的novel miRNA,也就是新的miRNA, 我们会想要知道其二级结构。对于RNA的二级结构，最直观的肯定是用图片表示，示意如下

转录本的类型是多种多样的，除了编码蛋白的RNA外，还有很多非编码蛋白的RNA, noncoding RNA, 简称ncRNA。 在ncRNA中，根据长度又分成两类，长链非编码RNA, 指的是长度在200bp以上的非编码RNA, 缩写为lncRNA; 对于长度在50bp...

对于转录组的差异分析而言，case/control的实验设计是最为常见，也最为基础的一种，有很多的R包可以处理这种类型的数据分析。在很多时候，还会有非常复杂的实验设计，比如时间序列， 时间序列与不同实验条件同时存在等情况，对于这...

对于RNA_Seq而言，得到基因/转录本的定量结果仅仅是第一步， 只是对测序数据的汇总， 相同的工作也可以通过芯片直接得到。

存储基因和转录本的结构信息，gtf和gff3两种格式都可以。在实际分析时，会需要转换两种格式。比如，NCBI 只提供了GFF格式的下载文件，我们需要转换成GTF文件之后再使用。...