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scRNA-seq Clustering quality control(二)

单细胞RNA-seq分析介绍单细胞RNA-seq的设计和方法从原始数据到计数矩阵差异分析前的准备工作scRNA-seq——读入数据详解scRNA-seq——质量控制为什么需要Normalization和PCA分析scRNA-seq聚类分析(一)scRNA-seq聚类分析...

2020-10-19
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SCENIC||单细胞基因调控网络推断与聚类

(a)使用GENIE3或GRNBoost推断转录因子与候选靶基因之间的共表达模块。RcisTarget可识别那些调节子的结合基序在目标基因中显着富集的模块。并创建仅具有直接target的调节单元。AUCell对每个细胞中每个调节单元的活性进...

2020-10-10
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LoRa终端设备ASR6505之I2C通信

前言:I2C接口是比较常见的接口,尤其是各种传感器,本篇聊聊ASR6505的I2C使用。

na
2020-09-27
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【进化基因组学】比较转录组--数据预处理

在开始之前,大家可以想一想如果是在sanger测序的时候,我们第一步就是需要确定样品,然后是对样品提取DNA,检验DNA质量,之后便是根据引物去配置pcr体系,然后跑pcr,跑完之后,我们还会进行跑胶检验,看看是否真的p出条带了。假如一...

2020-09-22
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12分NC教你构建缺氧评分和扩展分析

今天跟大家分享的是2020年发表在NATURE COMMUNICATIONS (IF:12.121)杂志上的一篇文章"Divergent mutational processes distinguish hypoxic and normoxic tumours".在文章中作者采用缺氧评分,构建了肿瘤缺氧的泛癌景......

na
2020-09-22
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人人都可以学会生存分析(学徒数据挖掘)

她上一个笔记是:学徒数据挖掘之谁说生存分析一定要按照表达量中位值或者平均值分组呢?

2020-09-22
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4+分干细胞相关的非编码RNA新套路

大家好,今天和大家分享的是2020年2月发表在Aging(IF=4.831)上的一篇文章:Cancer stem cell-specific expression profiles reveal emerging bladder cancer biomarkers and identify circRNA_103809......

2020-09-22
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肿瘤研究中加入m6A热点发表15分文章是什么水平?

胃癌(GC)虽然根治性切除和全身化疗已经有了很大的改善,但由于恶性增殖和转移,其预后仍然很差。因此,迫切需要阐明胃癌进展的潜在分子机制,这将有助于靶向治疗的发展。M6A甲基化是真核mRNAs中最普遍的修饰之一。之前的研究...

2020-09-22
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2-6 R语言基础 缺失值

> is.na(x)[1] FALSE TRUE FALSE TRUE FALSE

2020-09-16
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2-2 R语言基础 向量

> x <- vector("character",length=10)> x1 <- 1:4> x2 <- c(1,2,3,4)> x3 <- c(TRUE,10,"a") #如果给向量赋值时元素类型不一致,R就会强制转换,将他们变为同一类型> x4 <- c("a","b","c","d")...

2020-09-16
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