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OSCA单细胞数据分析笔记-3 SingleCellExperiment数据结构

如下图所示,我目前对sce结构的理解是,围绕scRNA-seq的原始count数据,储存了4组相关信息

2021-04-16
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Nat. Methods | SAVER: 单细胞RNA测序的基因表达恢复

今天给大家介绍宾夕法尼亚大学Nancy R. Zhang教授等人发表在Nature Methods上的一篇文章 “SAVER: gene expression recovery for single-cell RNA sequencing”。大规模并行单细胞RNA测序 (scRNA-seq) 的快速发展为...

2021-04-13
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R数据科学|3.6习题解答

这个问题是数据分析的一个基本问题:成本函数。作为分析人员,我们之所以对航班延误感兴趣,是因为对乘客来说代价高昂。在许多情况下,到达延迟更重要。在大多数情况下,迟到对乘客来说成本更高,因为这可能会打乱其下一阶段的旅...

2021-04-09
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R数据科学|3.3课后习题

《R数据科学》是一本很好的R学习教材,小编学习过程中,把作业题做了一下,今天给出第三章3.3[1]习题解答,仅供参考。如有误,可留言。

2021-04-09
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R数据科学|3.2.4课后习题

《R数据科学》是一本很好的R学习教材,这里给出第三章3.2.4[1]习题解答,仅供参考。如有误,望指正。

2021-04-09
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TBtools | 多图合一至强版教程!进化树+Motifs+结构域+启动子+基因结构+....

“Gene Structure View (Advanced)”这个功能可以说,也是一时兴起写出来的。开发的主要动机,还是发现师弟师妹在做的事情实在是太费时间精力。就这样,四五年过去了。直到现在,我仍然没搞懂,这个功能是怎么被大伙用起来的。...

2021-04-06
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Fac Rev:多物种相互作用的研究进展

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC7886066/

na
2021-03-26
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单细胞GSVA分析该用什么数据?

从上面记录的运行时间来看,scale.data数据CPU的计算时间(63.273s)相比counts和data数据快了不少,这是因为默认的scale.data数据只有2000个基因。对所有基因scale之后再次测试scale.data数据,CPU的计算时间变成了235.689s,相...

2021-03-25
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【生信文献200篇】21 使用单细胞多组学探索TNBC病人的新辅助化疗疗效

英文标题:Chemoresistance Evolution in Triple-Negative Breast Cancer Delineated by Single-Cell Sequencing

2021-03-23
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RNA-seq数据分析完全指北-03:去除奇怪的RNA

不同于我们常见的polyA富集方法,号称全转录组测序的rRNA depletion建库对于实验的要求更高,并且在建库过程中引入的我们并不想分析的序列也更多。

2021-03-23
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