今天给大家介绍来自美国维克森林医学院的Qianqian Song, Jing Su 和 Wei Zhang发表在nature communication上的文章“scGCN is a graph convolutional networks algorithm for knowledge transfer in sin......
得到10个细胞群，marker分别是：Pi16+, Col15a1+, Ccl19+, Coch+, Comp+, Cxcl12+, Fbln1+, Bmp4+, Npnt+ and Hhip+
我们上次基于各种marker对1189个细胞进行分类，然而，仅基于marker对细胞进行分类可能是不精确的，特别是考虑到scRNA-seq数据的high dropout rate 。因此，在进行t-SNE降维之前，作者又进一步将细胞进行分类。...
从基因表达水平来看，主要是哪些基因造成了每个cluster得以区分的结果是这一步的主要目的。实现这一步后，对于cluster的生物学意义解读将有很大帮助。...
Genomic analysis uncovers prognostic and immunogenic characteristics of ferroptosis for clear cell renal cell carcinoma
主要方法：将其中某一组设置为实验组，其余几组统一设置为对照组。 第一步读取数据，合并表达矩阵和分组文件 #===========================================================================#=========================.....
光纤纤芯和包层是由不同折射率的玻璃组成，中心为高折射率玻璃纤芯(掺锗二氧化硅)，中间为低折射率硅玻璃包层(纯二氧化硅)。光以一特定的入射角度射入光纤，在光纤和包层间发生全发射（由于包层的折射率稍低于纤芯），从而可以在...
普通转录组的思路也可以应用到单细胞转录组。普通转录组相当于把一群细胞或一个器官混合到一起去提取RNA，获得的是每个细胞中RNA表达量的平均值。单细胞是把每个细胞单独分出来去提取RNA，然后建库测序，获得是是单个细胞...
我在我在04-转录组笔记推文任务列表（半年期）里面安排了6个经典综述和10篇转录组应用文献给大家，可惜愿意沉下心了认真苦学的并不多。（https://share.mubu.com/doc/14uneHKvPg）...
