这几天在复现一篇文章《Single-Cell RNA-Seq Revealed the Gene Expression Pattern during the In Vitro Maturation of Donkey Oocytes》，在对数据完成了过滤、比对和定量后，开始进行下游分析。...

都知道学术界Elisabeth Bik打假无数，但没想到有一天导师竟会被自己的博士生“背刺”。

使用18个已发表的“金标准”数据集，评测了14个目前常用的差异分析方法，pseudobulks方法要优于single-cell分析方法，指出现在的很多发表的差异分析方法是错误的，会有太多的假阳性...

节后收心小秘方：和小编一起梳理空间转录组学的基础知识点，快速进入学习状态！这次的参考文献来自《Emerging Topics in Life Sciences》的一篇Perspective，文章概述性...

针对@lijing-lin在GitHub的ezcox仓库提出的Fast way to add interaction terms?[1]问题， 这两天闲暇时废了些脑细胞进行解决。同时也fix之前记录的

这是ST团队进行的一个示例实验。在一个单独的实验中揭示所有具有空间分辨率的小鼠大脑mRNA。

Seurat提供了两个工作流程来识别与组织空间位置相关的分子特征。第一种是根据组织内预先标注的解剖区域进行差异表达，这种差异表达可以通过非监督聚类或先验知识来确定。这种策略在这种情况下有效，因为上面的集群显示出...

在三阴性乳腺癌（TNBC）中，将化疗与检查点抑制剂相结合的好处仍然不是很清楚。作者利用单细胞RNA和ATAC测序来检查22名患有晚期TNBC的患者的免疫细胞动力学，这些患者的治疗方法是紫杉醇或与阿特珠单抗 (Atezolizumab)的结合...

聚类分析是生信分析中常用的工具，在转录组分析中经常用到。聚类分析将表达模式相似的基因聚类在一起，以基因集的形式进行后续分析，今天小编给大家介绍其相关原理。...

英文标题： toxFlow: A Web-Based Application for Read-Across Toxicity Prediction Using Omics and Physicochemical Data