2021年11月8日，美国俄亥俄州立大学（Ohio State University）区健辉（Kin Fai Au）研究组在Nature Biotechnology在线发表综述论文Nanopore sequencing technology, bioinformatics and applications，该文章系统全......

这个问题很让人困惑，不少教程，先是STAR比对，然后featureCounts或HTSeq再计算reads count。那么我们看看，什么时候需要这样做，什么时候不需要这样做？

NGS基础 - GTF/GFF文件格式解读和转换这篇文章有读者留言想要提取外显子，内含子，启动子，基因体，非编码区，编码区，TSS上游1500,TSS下游500的序列。下面我们就来示范如何提取这些序列。...

三种液滴型方法采用相似的技术生成液滴，采用barcode标记细胞，应用UMI进行偏好校正。但它们在beads的 、barcode的设计、cDNA扩增等不同。

单细胞多组学数据旨在相同细胞中捕获细胞多分子模式，提供了探索细胞表观基因组和转录组关系的机会。作者开发了MultiVelo，这是一种基因表达的机制模型。它纳入表观基因组数据的同时扩展了RNA速率框架。MultiVelo使用概...

通讯作者是Iannis Aifantis 教授，其研究方主要为Cancer, immunology, stem cell biology, epigenetic regulation, leukemia, tumor microenvironment，实验室主页The Iannis Aifantis Lab[1] ；代......

单细胞的多组对照设计（例如正常组与给药组）可以为细胞类型水平比较提供以往Bulk RNA-seq分析所不能达到的精度。对此一般有两种进阶分析思路：

单细胞转录学改变了我们描述细胞状态的能力，但深入的生物学解释需要的不仅仅是分群。随着测量不同细胞模式的新方法的出现，一个关键的分析挑战是整合这些数据集，以更好地了解细胞身份和功能。例如，用户可以在同一生物系统...

原文在深度总结了RNA-seq这些年的同时，还分享了文中一些名词的解释，编译分享如下，希望有助于进一步理解学习。

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