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单细胞小提琴图+箱型图

做单细胞数据分析的时候,我们经常会用小提琴图来展示一些marker在不同细胞亚群中的表达情况。R的Seurat包中就有一个函数叫VlnPlot,专门用来画小提琴图的。...

2022-09-21
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TREM2(high)巨噬细胞和γδT细胞的基因表达特征预测免疫治疗反应

背景:确定免疫检查点疗法(ICT)耐药抵抗相关因素仍然具有挑战性。大多数癌症患者对ICT没有反应,并且生物标记物的预测能力有限。

2022-06-13
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解析食管鳞癌化疗病人的单细胞转录组

分段式作文:5个常规治疗病人和5个化疗病人得到的单细胞数据,先初步分成上皮、基质和免疫,然后每一类继续细分,分别探讨

2022-06-13
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单细胞测序揭示肝移植术后细胞图谱

近日肝移植领域发表一篇单细胞测序文章,题目为Landscape of Immune Cells Heterogeneity in Liver Transplantation by Single-Cell RNA Sequencing Analysis,由青岛大学附属医院器官移植中心蔡金贞教授团队完成。...

2022-05-24
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单细胞转录组测序揭示了离子化辐射下的细胞异质性

放射治疗是恶性肿瘤最有效的治疗方法之一。通过诱导 DNA 双链断裂,电离辐射 (IR) 利用具有包含 DNA 损伤修复系统的肿瘤细胞来控制肿瘤生长。组织病理学特征(如分化、增殖和组织特异性病理学)和肿瘤微环境因素(如缺氧和炎...

2022-04-18
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单细胞测序正流行!这篇Nature Medicine顶级单细胞文献全套复现,你值得拥有!

单细胞测序技术的产生对于生命科学研究无疑是个里程碑式的突破,不同于传统测序,单细胞测序是基于单个细胞的测序技术,而细胞是生命体发挥功能的最小单位,得益于单细胞极高的分辨率,研究者们可以精确识别每个细胞或细胞群所...

2022-04-09
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外泌体多组学02-体液来源外泌体的组织和细胞类型溯源

外泌体(30~150nm大小)是活细胞分泌的最小类型的细胞外囊泡(∼为30~1000nm),通过所有体液的循环系统,如血液、尿液和眼泪,作为细胞间的信使。体液外泌体的来源混杂,可以是任何组织和细胞分泌的外泌体然后经体液循环进入。...

2022-04-08
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SMNN:对单细胞数据进行批次校正

随着单细胞测序技术的成熟和测序成本的不断下降,产生了越来越多的单细胞数据。在整合来自多个批次的单细胞数据时,批次效应校正至关重要。

2022-03-29
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【单细胞文献解读】靶向治疗诱导肺癌进化

肺癌是全球范围内发生率和死亡率最高的恶性肿瘤,而远端转移是肺癌致死率的主要原因。靶向治疗虽然可以延缓部分患者的生命,但肺癌的异质性仍会导致肿瘤细胞适应新环境,出现耐药。只有了解治疗前后肿瘤和微环境的进化过程...

2022-03-29
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【单细胞文献解读】肺癌微环境中的基质细胞图谱

肺癌是人类肿瘤的头号杀手。虽然近年来靶向治疗和免疫治疗取得了突破性进展,但患者仍会出现耐药、免疫治疗无效等情况。在单细胞水平上研究可以精确了解患者体内、以及患者间的异质性,提高细胞差异性研究的分辨率,帮助更...

2022-03-29
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