连锁不平衡指的是在某一群体中，两个基因同时遗传的频率大于随机组合的频率。下面通过一个例子来说明。

有的时候数据中有NA，可以聚类出来，但是有的时候就会报一个这样的错误： “Error in hclustfun(distfun(x)) : NA/NaN/Inf in foreign function call (arg 11)”

因为顺序变了，要是想保持原来每个样本对应的颜色的话，也要改变小提琴的颜色.如： 原始的样子

Seurat是分析单细胞数据一个非常好用的包，几句代码就可以出图，如feature plot,violin plot,heatmap等，但是图片有些地方需要改善的地方，默认的调整参数没有提供，好在Seurat的画图底层是用ggplot架构的，我们可以用ggplot的参...

此次例子，我们选择了一套GEO数据库的肺癌数据，数据编号为GSE19804，120个样本，其中包含60个癌症样本和60个癌旁正常样本，前面我们使用t检验，并对p值进行BH校正，筛选fdr小于0.01的基因中前40个在癌症相对于正常样本中显著差异...

笔者认为，这些功能的好处在于能够比较方便的用简单几行代码做一些固定的分析，恰恰这也是它的缺点，这样的话包的灵活性就大打折扣了，不能够很好的整合用户的其它分析流程。考虑到这一点，我可能不会过多的使用它的其它分析功...

今天要说的是占据了图像分割编解码结构大半江山的Fully Convolutional Network（FCN）。

有经验的前辈，R里的脚本都是step0、step1、step2，一清二楚，相关内容都集中在Rproject里；

貌代码被折叠了，大家需要阅读原文才能复制粘贴我代码在Rstudio里面直接运行，几分钟就可以学会15个图的制作！basic visualization for expression matrixjmzeng1314@163.comMarch 14, 2017我的博客我们的论坛捐赠我安装并...