我们昨日进行clustering之后，将1107个细胞分成了9个簇，今天学习tsne方面的知识。
我们上次基于各种marker对1189个细胞进行分类，然而，仅基于marker对细胞进行分类可能是不精确的，特别是考虑到scRNA-seq数据的high dropout rate 。因此，在进行t-SNE降维之前，作者又进一步将细胞进行分类。...
NC单细胞文章复现(七)：Gene expression signatures(2)
单细胞初级8讲和高级分析8讲单细胞分析十八般武艺1：harmony单细胞分析十八般武艺2：LIGER单细胞分析十八般武艺3：fastMNN单细胞分析十八般武艺4：velocyto...
大家好！今天跟大家分享的文献是2020年12月发表在JOURNAL OF CELLULAR AND MOLECULAR MEDICINE（IF=4.486）杂志上的一篇文章。本研究分析TCGA，CGGA和GEO数据集和ER应激相关基因进行分析，构建ER应激相关风险特征，研究神经胶质...
主要是读取一个文件 infercnv.observations.txt ， 然后根据里面的的数值进行归类，阈值是 0.3，0.7，1.3，1.5，2 分别代表拷贝数缺失或者扩展的程度界限。其中位于 0.7-1.5之间就是拷贝数正常。全部的代码如下：...
细胞和它们在组织之间的关系对于理解正常发育和疾病病理学是至关重要的。Visium 空间基因表达解决方案允许研究空间分辨的全转录组 mRNA 表达，同时在同一组织切片中捕获组织学信息。使用该解决方案，可以将基因表达谱映...
组织的复杂性使得在分子水平上以高通量的方式识别组织功能变得十分困难。而免疫组织化学和H&E染色是了解基于蛋白质表达和细胞形态的组织结构的基础工具。近年来空间转录组技术的发展将传统组织学技术的优点与RNA测序...
CW，广东深圳人，毕业于中山大学（SYSU）数据科学与计算机学院，毕业后就业于腾讯计算机系统有限公司技术工程与事业群（TEG）从事Devops工作，期间在AI LAB实习过，实操过道路交通元素与医疗病例图像分割、视频实时人脸检测与表情识别...
