自从上一次服务器重装系统之后,总感觉缺少了一些东西,安装R包很多依赖库报错,也可以解决,但总是存在,烦。
seqtk在生信届被誉为序列处理的瑞士军刀,其出自生信大神李恒之手,李恒是SAMtools、BWA、MAQ等著名生信软件的核心作者。seqtk基于C语言编写的软件,运行速度极快,极大的提高工作效率。seqtk日常序列的处理包括,比如:fq转换为...
deeptools是基于Python开发的一套工具,用于处理诸如RNA-seq, ChIP-seq, MNase-seq, ATAC-seq等高通量数据。工具主要用途:
与bedtools intersect类似,window 在A和B中搜索重叠的特征。
1.输出文件六个,前四个文件可以指定保存位置,后两个文件是跟输入的gtf文件保存在一个位置,并且都是以-o提供的前缀开头的
咱们《生信技能树》的B站有一个lncRNA数据分析实战,缺乏配套笔记,所以我们安排了100个lncRNA组装案例文献分享,以及这个流程会用到的100个软件的实战笔记教程!下面是100个lncRNA组装流程的软件的笔记教程在高通量测序分析...
SAMtools是一个用于操作sam和bam文件的工具合集。能够实现二进制查看、格式转换、排序及合并等功能,结合sam格式中的flag、tag等信息,还可以完成比对结果的统计汇总。同时利用linux中的grep、awk等操作命令,还可以大大扩...
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今天上课的时候随手打开conda,看见了这个小玩意儿。打开,写代码运行,左看右看,发现确实是作为ipython一种极好的补充,这里就记录一下相关安装的步骤;...
climlab 是一个用于面向过程的气候模拟的灵活引擎。它基于一个常规概念,即模型是单个的且相互作用的过程的集合。Climlab 定义了一个名为 Process 的基类,它可以包含任意复杂的子过程(每个子过程也包含一些子类)。只要...