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一个10x单细胞转录组项目从fastq到细胞亚群

这样的文件很明显没办法给我们跑单细胞转录组流程,看了看原文:《Single-cell RNA sequencing reveals B cell–related molecular biomarkers for Alzheimer’s disease》,其实在《单细胞天地》有它的介绍:单细胞测序揭示...

2022-03-03
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使用conda安装复杂软件不妨给它独立的环境(以rmats为例)

我们已经多次强调了,之前推荐的清华大学镜像可能是人满为患,大家需要自己机智一点哦。

2022-03-03
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CellPhoneDB的单细胞通讯结果的理解

就是4个文本文件,其中 means.txt 和 pvalues.txt以及, significant_means.txt都是300行,而且都是90多列,说明这3个文件是相互关联的。下面我们来一一解读:

2022-03-03
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CellPhoneDB的单细胞通讯结果的可视化之气泡图

如果你对这些文件的理解还不够,继续看 :CellPhoneDB的单细胞通讯结果的理解

2022-03-03
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MAC安装Anaconda3 Python3.7和Python2.7共存

2、如果安装遇到超时或者慢,可以切为国内源(如以上安装正常,可以使用py27环境,请忽略此步骤)

2022-01-06
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ATAC-seq或者ChIP-seq等表观测序数据处理服务

ATAC-seq或者ChIP-seq等表观测序数据,需要比对到参考基因组并且找其峰值(peaks)并且进行基因功能元件注释或者motif注释,我们仅仅是收取一个计算机资源的费用,800-1600元人民币(根据样品数量不同收费不一样)即可,并且提供全套...

2021-10-21
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linux装conda

如果不想每次退出然后进入,直接切换环境也可以这样source activate:

2021-10-18
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RStuido Server 选择不同的 R 版本(conda 中的不同 R 版本)

自从上一次服务器重装系统之后,总感觉缺少了一些东西,安装R包很多依赖库报错,也可以解决,但总是存在,烦。

2021-10-15
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有可能给超低版本的R安装高配包吗

可以看到R版本是超级低了,R version 3.5.1 (2018-07-02) ,因为很少更新,而且两年多没有使用它了。发现安装最基础包 ggplot2 都失败,如下所示:

2021-10-12
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Miniconda安装

多本数据分析类的图书都是使用Conda作为环境的,这里也安装一下

2021-08-20
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