去年年底，美国西雅图系统生物学研究所与西雅图瑞典医疗中心等多家单位联合在《Cell》上发表“Multi-Omics Resolves a Sharp Disease-State Shift between Mild and Moderate COVID-19”，通过采集139名不同严重程度的新...

在生物学和基础医学领域，研究细胞类型的分化和细胞状态的转化是非常重要的一环，它可能与疾病的发生发展有着重要且密切的联系。单细胞转录组测序可以保留单个细胞的转录组信息，且由于细胞分化是一个连续的过程，所以单细胞...

肿瘤微环境具有高度异质性，深入理解肿瘤微环境特别是肿瘤浸润免疫细胞的特征，对探究肿瘤发生发展和免疫疗法的关键调控分子至关重要。近年来，单细胞转录组技术成为解析肿瘤微环境的有力武器，在相关研究中取得了一系列突破...

❝本节来复现「nature microbiology」上的一张环状热图，图表主要使用「ggplot2」,「ggtree」，「ggtreeExtra」等包来实现，此图的重点不在绘图方，而是在于如何构建绘图数据下面来进行具体介绍Multi-modal molecular progra...

肿瘤新生抗原，由每个患者肿瘤中独特的突变产生。由于其极强的肿瘤细胞特异性，是肿瘤靶向免疫治疗的关键靶点。先前已有临床试验(Carreno et al., 2015; Hilf et al., 2019; Keskin et al., 2019; Ott et al., 2017; Sah...

There is a chessboard of size n by n . The square in the i -th row from top and j -th column from the left is labelled (i,j) .

歌德曾说过，“一棵树上很难找到两片叶子形状完全一样”，同样的，每一个肿瘤细胞也具有各自的特征。肿瘤是恶性肿瘤细胞、免疫细胞和间质细胞的复杂混合物，通常具有较高程度的瘤内和瘤间异质性。肿瘤微环境（TME）由促肿瘤和抗...

单细胞转录组测序通常是基于二代测序平台，具有相对较低的成本和高通量的优势。由于二代测序建库过程需要对cDNA进行打断，无法同时获得细胞标签和全长转录组数据，所以对单细胞转录本的变化知之甚少。而三代测序可以获得全...

肠道是人体最大的屏障器官，与肠道微生物共生协调营养需求和免疫。多种相互关联的细胞类型构成了成熟的肠道及其不同的形态，但其发育的分子基础仍不清楚。来自牛津大学Simmons和Koohy教授团队通过单细胞测序联合空间转录...

许多生物进程和细胞通讯息息相关，如胚胎发育，器官形成，癌症发生发展，炎症反应，药物作用和耐药研究等。当细胞不能正确地相互作用或不正确地解码分子信息时，就会引起疾病。因此，细胞间信号通路的鉴定和定量已成为跨不同学科进...