当你的才华还撑不起你的野心时，请潜下心来，脚踏实地，跟着我们慢慢进步。不知不觉在单细胞转录组领域做知识分析也快两年了，通过文献速递这个栏目很幸运聚集了一些小伙伴携手共进，一起成长。...

前言背景小知识肺中2种巨噬细胞端粒相关基因——TRF1ssGSEA分析条件培养基(conditioned medium)正文PART1：前言PART2：关于SingleRPART3：在本文中利用SingleR找到过渡态的DCPART4：其他模型中也发现C1、C2和C3PART5：C2位于纤...

今天分享一篇2019年7月份发表在nature上的文章：《Single-cell analysis reveals T cell infiltration in old neurogenic niches》，有兴趣的同学可以自行去pubmed上下载阅读。...

当你的才华还撑不起你的野心时，请潜下心来，脚踏实地，跟着我们慢慢进步。不知不觉在单细胞转录组领域做知识分析也快两年了，通过文献速递这个栏目很幸运聚集了一些小伙伴携手共进，一起成长。...

本教程是翻译自 Orchestrating Single-Cell Analysis with Bioconductor(https://osca.bioconductor.org/), 由于前三章是序言和软件介绍等无关紧要的内容，所以我们从第四章数据基础框架开始...

下面这个get_var_genes_pseudotime函数是作者包装好的（https://github.com/IStevant/XX-XY-mouse-gonad-scRNA-seq/blob/master/scripts/XX_analysis_dm.R），很长但不难理解。只需要自己进入作者的代码，将其中的变量替......

我不知道哪个研究团队会率先开发出来融合基因流程，不过今天刷Twitter看到了Nathan Castro-Pacheco is presenting STARsolo-Quant, a method for quantifying isoform expression in scRNA-seq data的新闻，是美国生......

该包于去年新推出了整合功能。文章19年6月份发表于cell杂志，原文题目为：Comprehensive Integration of Single-Cell Data 被引量超过300次

本教程演示的数据来源于发表在2017年10月的NC文章：Differentiation dynamics of mammary epithelial cells revealed by single-cell RNA sequencing 用10X单细胞转录组测序来探索小鼠的乳腺发育情况，包括了4个发育阶段...

FateID还提供伪时间基因表达变化的可视化和分析功能。为此，可以提取具有朝向目标簇的命运偏差的细胞。principal curve 分析以伪时间顺序返回沿着分化轨迹的所有细胞。例如，可以通过以下命令提取以伪时间顺序向簇6具有...