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Mol Cell | 赵永兵等发现“Stripe”转录因子帮助其它转录因子结合到DNA上并保持基因组调控区域染色质的开放性

目前赵永兵老师已在中科院广州健康院成立研究团队,正在招聘人才,具体见生信宝典头条。在哺乳动物细胞中,转录因子(transcription factors,TFs)以合作的方式结合到基因组的顺式调节元件(或调控区域,cis-regulatory elements)上...

2023-11-02
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利用单细胞数据对bulk进行反卷积

buk-RNAseq和sc-RNAseq联合分析在许多文章中已经屡见不鲜了,这周介绍两种利用单细胞数据对bulk进行反卷积方法的基本实现

2023-10-25
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BD单细胞转录组分析怕不是一个笑话吧

是 人的PBMC样品,Healthy (n = 4), COVID-19 (n = 16) and recovered (n = 13) ,这个单细胞转录组技术起初看起来是很高级 ,是BD single cell multiplexing kit (Human) ,包括:

2023-10-24
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Pytorch拓展进阶(二):Pytorch结合C++以及Cuda拓展

之前的文章中:Pytorch拓展进阶(一):Pytorch结合C以及Cuda语言。我们简单说明了如何简单利用C语言去拓展Pytorch并且利用编写底层的.cu语言。这篇文章我们说明如何利用C++和Cuda去拓展Pytorch,同样实现我们的自定义功能。...

2023-10-19
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python批量读取文件赋值给一个参数

我想创建一个可以打开文本文件c_name.txt的脚本,其中文本文件的内容将是单元名称列表。 打开后,我需要将所有单元名称指定为变量。 这是因为我需要单元名称来打开下一个需要单元名称的目录。 我现在做的是打开文本文件...

2023-10-13
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单细胞ATAC实战01: CellRanger-ATAC定量

It enables profiling of the open chromatin landscape at single cell resolution.

2023-09-26
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糖尿病早期的病人和正常人的肾脏单细胞水平差异

文章标题:《The single-cell transcriptomic landscape of early human diabetic nephropathy 》

2023-09-19
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Cell Research新成果首次揭示和定义肿瘤侵袭前沿区,为研发肿瘤治疗策略提供新的角度和依据

2023年6月,国家基因库生命大数据平台支撑科研成果在《Cell Research》发表。该研究成果题为 “An invasive zone in human liver cancer identified by Stereo-seq promotes hepatocyte-tumor cell crosstalk, ......

2023-09-06
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单细胞多组学数据分析不会分析

不开玩笑,只需要你设计实验收集样品花钱在公司测序了即可,数据分享到公开数据库后就可以发表在《 BMC Genomic Data》杂志啦,比如2023年8月7号见刊的《The single-cell transcriptome and chromatin accessibility datas...

2023-09-04
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这近100种单细胞亚群的2348个标记基因好用吗

这样的单细胞转录组数据分析的标准降维聚类分群,并且进行生物学注释后的结果。可以参考前面的例子:人人都能学会的单细胞聚类分群注释 ,我们演示了第一层次的分群。如果你对单细胞数据分析还没有基础认知,可以看基础10讲:...

2023-08-31
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