自从2009 年首篇关于scRNA-seq的文章发表以来，这项技术正在被广泛的采用。随着测序平台商业化的迅速发展和相关生物信息学方法的不断成熟，带来了很多生物医学领域新的发现。上期我们简单的介绍了scRNA-seq的背景和数据...

当机体产生特异性免疫应答时，TCR的多样性会发生变化，某个或某些T细胞克隆会大量扩增，来对抗异己抗原。免疫组库的分析可以反映机体免疫应答的状态，那么如何利用免疫组库来评价机体的免疫状态呢？小编在这里整理了目前文献中...

数据导出在涉及到报表的系统是一个很常见的功能，而excel又是常见的导出数据的方式，如果导出报表时需要按照一定的样式导出，那么就需要确保写入数据的excel按照某种样式返回。常见的方法是在创建excel的时候设置单元格样...

2022年1月21日，广州医科大学呼吸疾病国家重点实验室赵金存教授团队与深圳华大生命科学研究院（下简称“华大研究院”）联合科研团队在国际著名学术杂志Genome Research (IF: 9， 一区杂志，冷泉港出版，专注于计算分析类文章)上...

到目前为止，单细胞转录组费用仍然是居高不下，所以绝大部分情况下大家做两个分组，每个组内也就是三五个样品而已。这样的话两个分组之间的不同单细胞亚群的比例差异其实往往是需要最后使用流式细胞等价格相对低廉的实验技...

一篇还算是比较新的CELL文章；《Spatiotemporal analysis of human intestinal development at single-cell resolution》17个 individual embryos 的 77 个intestinal 样品，但是最后只有76,592 cel......

最近有学徒提到她在复现文献：《utative regulators for the continuum of erythroid differentiation revealed by single-

这样的文件很明显没办法给我们跑单细胞转录组流程，看了看原文：《Single-cell RNA sequencing reveals B cell–related molecular biomarkers for Alzheimer’s disease》，其实在《单细胞天地》有它的介绍：单细胞测序揭示...

10x单细胞转录组数据分析所需要的参考数据文件主要是基因组的fasta文件和基因注释gtf文件，其官网有详细的例子：https://support.10xgenomics.com/single-cell-gene-expression/software/pipelines/latest/using/tutoria...

并且做了一个简单的可视化，见：CellPhoneDB的单细胞通讯结果的可视化之气泡图，差不多让大家理解了所谓的细胞通讯， 就是在两个不同单细胞亚群里面，各自高表达受体配体基因对里面的一个。比如CD74_MIF 和 C5AR1_RPS19 这两...