在任何一种数据库中，都会有各种各样的日志，记录着数据库工作的方方面面，以帮助数据库管理

视图（view）是一个虚拟表，非真实存在，其本质是根据SQL语句获取动态的数据集，并为其命

MySQL 5.0 版本开始支持存储过程。 简单的说，存储过程就是一组SQL语句集，功能强大，可以

前言此部分内容，均为《基因学苑》公众号付费资源的学习笔记。一、eggnog-mapper简介 拼接完的宏基因组序列，进行基因预测，去冗余，最终得到宏基因组测序的基因组。那么这些基因都...

触发器，就是一种特殊的存储过程。触发器和存储过程一样是一个能够完成特定功能、存储在数据

HUMAnN，The HMP Unified Metabolic Analysis Network，是一款快速获得宏基因组、宏转录组物种和功能组成的软件。metaphlan 主要进行物种的组成分析，而 humann 更进一步，除了物种组成，还包括功能组成分析。humann 通过调用 ...

该案例来自 HMP 计划，选取 10 个口腔黏膜（buccal mucosa）样品和 10 个舌头背面（ tongue dorsum）样品进行比较分析。

1、数据质控：使用 kneaddata 软件，该软件先调用 Trimmomatic 过滤数据，然后利用bowtie2 或 bmtagger 比对宿主数据库去除宿主数据 (也可以去除核糖体数据)。

人为添加 10 种微生物，其中包括 8 株细菌，两株真菌。分为两种模式，一种按比例平均分配，称为 Even 数据集，8 株细菌各占 8%，2 株真菌各占 4%。另一种按照对数进行分配，称为 Log 数据集。并且包括 illumina 与 nanopore 数据。...

基于鸟枪法（Shotgun Sequencing）的高通量测序已经走过 10 多年，在宏基因组领域的应用也超过 10 年，在这 10 多年里，基于二代测序高通量的特性，在宏基因组，16S 测序中已经取得了非常大的进展。然而，二代测序读长短、建库周期长...