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课程补充----10X官方推荐的scRNA数据call SNV方法

VarTrix uses Smith-Waterman alignment to evaluate reads that map to each known input variant locus and assign single cells to these variants。该过程适用于10x单个细胞基因表...

2024-09-18
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准备工作----单细胞数据检测SNV与多组学分析

腾讯云开发者社区是腾讯云官方开发者社区,致力于打造开发者的技术分享型社区。提供专栏,问答,沙龙等产品和服务,汇聚海量精品云计算使用和开发经验,致力于帮助开发者快速成长与发展,营造开放的云计算技术生态圈。...

2024-09-17
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课前准备---脑膜瘤异质性和进化的时空机制(空间 + CNV + 蛋白)

从9名患者中切除的10例高级别脑膜瘤(指定为M1-M10)的16例颅内样本进行了临床、组织学和分子分析。

2024-09-07
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课前准备---单细胞数据检测SNV(变异、插入、缺失、等位基因连锁)

尽管单个细胞的测序深度有限,但典型的scRNA-seq数据集包含大量细胞。因此,合并来自多个细胞的数据可以有效地增加可测试事件的数量,用于遗传变异和剪接之间的连锁分析。...

2024-09-06
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maftools癌症体细胞变异(突变)分析工具学习

Maftools 是一个专门用于分析和可视化突变数据的 R 包。全名为 "Mutation Annotation Format Tools",它主要处理 MAF(Mutation Annotation Format)文件,这种文件格式广泛用于存储和共享癌症基因组中的突变数据。 Maftools...

2024-09-02
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单细胞 + ATAC + 突变 + 空间揭示了肝母细胞瘤中克隆进化和细胞可塑性的相互作用

肝母细胞瘤(HB)通常在5岁前被诊断出来,是最常见的儿科肝脏肿瘤。HB的基因组图谱相对简单,几乎所有肿瘤中都有ß-catenin激活突变,约85%的病例中有11p15.5 imprinted位点的改变,还有十几个其他驱动因素发生低频改变,包括TER...

2024-08-20
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