在10X Visium平台上，将组织切片放置在载玻片上，在载玻片上用条形码逆转录物(RT)引物在固定坐标上分析相同大小的spot。在组织渗透过程中，mRNA分子垂直向下扩散到固体表面，并在原位spot内与RT引物局部杂交。进一步提取cDNA...
通过SpaGFT识别的ftu不仅仅是细胞聚集的区域，而且反映了基于空间协调的分子特征的细胞和区域活动以及细胞-细胞相互作用。
FlowSig使用基因表达值和细胞间通信推断的输出来计算描述定向依赖的细胞间流动。这些依赖关系从流入的细胞间信号指向细胞内的GEM（ gene expression modules），这些GEM可能是单个TF或相关基因集的细胞富集，并从GEM指向流...
腾讯云开发者社区是腾讯云官方开发者社区，致力于打造开发者的技术分享型社区。提供专栏,问答，沙龙等产品和服务，汇聚海量精品云计算使用和开发经验，致力于帮助开发者快速成长与发展，营造开放的云计算技术生态圈。...
空转分析肿瘤样本由于其异质性和混沌性，使得聚类算法难以识别最佳空间区域，识别标记基因和空间niche。
大多数实体瘤起源于上皮细胞，被称为癌，包括胃癌、肺癌、膀胱癌、乳腺癌、前列腺癌和结肠癌，而其他一些实体瘤起源于其他类型的组织，包括肉瘤和黑色素瘤。无论其细胞来源如何，了解恶性细胞的分子特征和细胞异质性对于揭示肿...
肝母细胞瘤(HB)通常在5岁前被诊断出来，是最常见的儿科肝脏肿瘤。HB的基因组图谱相对简单，几乎所有肿瘤中都有ß-catenin激活突变，约85%的病例中有11p15.5 imprinted位点的改变，还有十几个其他驱动因素发生低频改变，包括TER...
空间转录组学领域旨在捕捉组织完整的转录图谱，并将基因表达映射到特定位置，揭示不同细胞类型的空间分布及其分子活性。10x的Visium分析使用barcodes的载玻片捕获和定位转录表达。在Visium HD空间基因表达实验中，barcode...
