腾讯云开发者社区是腾讯云官方开发者社区，致力于打造开发者的技术分享型社区。提供专栏,问答，沙龙等产品和服务，汇聚海量精品云计算使用和开发经验，致力于帮助开发者快速成长与发展，营造开放的云计算技术生态圈。...

1、在已知GSM样本号之后，笔者以“GSM21231”为例。使用GEOquery包中的getGEOSuppFile函数获得cel文件的URL。

在上一篇介绍了网络畅通情况下的下载CEL文件的方法，此处笔者偶然间发现了另外一种网络不通情况下的下载CEL文件的方法。

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由于课题需要下载single cell raw data 进行后续分析，但是NCBI SRA 文件分割后只有一个FASTQ文件，只能从ENA上下载BAM 文件，使用Cell ranger bamtofastq 转为fastq文件再进行比对。开启了慢慢长ERROR路...

写的数据预处理snakemake流程其实包括在每个单独的分析中比如种系遗传变异和肿瘤变异流程中，这里单独拿出来做演示用，因为数据预处理是通用的，在call变异之前需要处理好数据。...

The Snakemake workflow management system is a tool to create reproducible and scalable data analyses. Workflows are described via a human readable, Python based...

VCF是Variant Call Format的简称，是一种定义的专门用于存储基因序列突变信息的文本格式。在生物信息分析中会大量用到VCF格式。例如基因组中的单碱基突变,SNP， 插入/缺失INDEL, 拷贝数变异CNV，和结构变异SV等，都是利用VCF...

使用样本偏度（skewness）进行某一对象（方法-基因集对）偏向0或者偏向1的判断

通过加载optparse包进行参数设置，这种方法类似与python中argparse方法设置参数，如果不是简单的一两个参数推荐这种方法调用参数。